يعيش مسجد الرفاعي وأبناء الطريقة الرفاعية حالة من الاضطهاد والمطاردة من قِبَل وزارة الآثار وتحديدا قطاع الآثار الإسلامية والقبطية. منطقة آثار السلطان حسن والرفاعي. فيمساعي لمنع الصلاة وتفريغه تمهيدا لتحويله إلي مزار سياحي أسوة بمسجد السلطان حسن. كشف السيد طارق يسالرفاعي- شيخ الطريقة الرفاعية. رئيس الجمعية الخيرية الرفاعية- النقاب عن أن منطقة الآثار بدأت بالفعل في تنفيذ مخططها لمنع الصلاة وإزالة مقر المشيخة الرفاعية والجمعية الخيرية. وكلها مقرات موجودة قبل وجود المسجد ذاته. حيث قرّرت منع صلاة الفجر بغلق المسجد وعدم فتحه في وقت الصلاة. والأدهي تحديد موعد فتحه من الساعة التاسعة صباحا وحتي الخامسة فقط. بما يعني منع إقامة صلوات الفجر ثم العصر والمغرب والعشاء. فقط تقام صلاة الظهر ومؤقتا. بعد صدور قرار هيئة الآثار منذ 19/6/1991 بجعل مسجد الرفاعي مزارا مستقلا برسم زيارة قدره 6 جنيهات! تصفية حسابات! أرجع طارق يس سبب الأزمة إلي وجود خلافات شخصية وتصفية حسابات من قِبَل مدير المنطقة الأثرية ومشرفه علي الشئون الأثرية والمشرفة علي مسجد الرفاعي. الذين لا يعتقدون في آل البيت وأضرحة الصالحين. مما جعلهم يقومون بقطع الكهرباء عن مقر المشيخة الرفاعية. وخصوصا خلال الاحتفال بمولد الرفاعيفي حضور د. عبد الهاديالقصبي- شيخ المشايخ- والسيد محمود الشريف- نقيب الأشراف! أضاف طارق: فوجئت بمسئولي الآثار يتقدمون ببلاغ واتهام شخصيليبالتعدّي علي مسجد الرفاعي والإقامة فيه دون سند قانوني واستقطاع جزء من ¢الدفتر خانة¢ وبناء حائط حديث بالجامع. وكلها اتهامات مخالفة للواقع والحقيقة. بعد أن كشفت وزارة الأوقاف حيلتهم ورفضت طلبهم بترميم مقر المشيخة. مؤكدة بناء علي تقرير الإدارة المركزية بالأوقاف الصادر في 4/5/2006 علي أن المكان الذي تشغله مشيخة الطريقة الرفاعية كان ¢دفتر خانة¢ ديوان عام الأوقاف خاص بحفظ مستنداتها ولا يعتبر تعديا وبالتالي لا يعتد بقرار الإزالة. وفي حالة رغبة منطقة الآثار ترميم المكان فيمكنها ذلك من الخارج فقط أما الداخل فهو سليم وليس بحاجة إلي ترميم. مع العلم أنني توليت مشيخة الطريقة الرفاعية من السيد أحمد كامل يس نقيب الأشراف السابق والذي توجد باسمه قاعة داخل مسجد الرفاعي الذي تولاه من شقيقه محمود. ويذكر أن مقر المشيخة موجود في هذا المكان قبل وجود المسجد ذاته. حيث كان المقر يُسمي ¢زاوية الرفاعي¢ وكان بها السيد محمد يس شيخ ومؤسس الطريقة بمصر وقد دُفن بجوار سيدي علي أبو شُبَّاك بداخل المسجد. كما دُفن شيخ الطريقة الذي جاء من بعده وكان اسمه أيضا ¢محمد يس¢. وكان آنذاك يُسمي الضريح ب¢مسجد الذخيرة¢ أو ¢الزاوية البيضاء¢. ثم تم بناء المسجد في عصر ¢خوشيار هانم¢. وظل مقرا لمشيخة الطريقة الرفاعية في ¢الكتب خانة¢ أو ¢الدفتر خانة¢ كما عرفت بذلك لاحقا. وكانت مقرا لسكن شيخ الطريقة كما سجّل هذا كتاب ¢وصف مصر¢. مطاردة المصلين! يستطرد طارق يس قائلا: وعقب ثورة يوليو 52 وغلق المسجد. تم استقطاع هذا الجزء لعمل مقر المشيخة والجمعية معا وسُجلت برقم 549 لسنة 67 ومقرها مسجد الرفاعي. الأدهي أنني فوجئت بكل هذه الاتهامات من رئيس المنطقة الذي يُقرُّ ويعترف في جميع مراسلاته بأنها مقر للمشيخة. ومع ذلك تمادي في اضطهاده ومحاربته لأبناء الرفاعية بغلقه ضريح سيدي يحيي الأنصاري بحجة أنه مقام مشاهدة ورؤية فقط وحوّله إلي مخزن. وأستشهد في ذلك بحزن شيخ المشايخ ونقيب الأشراف حينما شاهدا الضريح وتحويله إلي مخزن! ولم يتوقف الأمر عند هذا الحد بل وصل الاضطهاد إلي حد قطع سلوك الكهرباء عن المراوح والمياه المبردة والميكروفون للتضييق علي المصلين وتفريغ الجامع لتحويله إلي مزار سياحي فقط.. مع ملاحظة أن وجود مقر المشيخة في المسجد ليس بدعة رفاعية بل هناك عدة طرق لها مقرات داخل المساجد مثل الدمرداشية والأحمدية المرازقة وغيرهما لها مقرات في المحافظات. يضيف طارق يس: ونحن إذ نتوجه إلي رئيس الجمهورية وكل المسئولين وعلي رأسهم رئيس الوزراء وشيخ الأزهر ووزير الأوقاف. لرفع الظلم عن أبناء الرفاعية الذين يعتبرون المكان مقرهم الروحي وهو مُكمّل للأثر طبقا لاتفاقية اليونسكو عن التراث الإنساني اللامادي.. وقد اتبعنا الطرق القانونية بتحرير محضر لوقف قرار الإزالة بقسم آثار القاهرة 5 أحوال 9/ 2014 قسم شرطة الخليفة رقم 7674 جنح الخليفة مع حفظ حقنا القانوني.
