أكد الشيخ طارق يس الرفاعى، شيخ عموم أبناء الطريقة الرفاعية، فى تصريح خاص لجريدة «التحرير» أن وزارة الآثار وضعت يدها على المسجد باعتبار أن به العديد من المظاهر الأثرية، مؤكدًا أن الوزارة تمارس كافة أشكال الضغط والترهيب تجاه جموع الرفاعية حتى يتركوا المسجد فريسة لأطماع الآثار، التى تسعى وبقوة إلى تحويله إلى مزار سياحى، فى حين أن خوشيار هانم والدة الخديو إسماعيل باشا قامت ببنائه تكريمًا للقطب الصوفى أحمد الرفاعى. شيخ الطريقة الرفاعية أضاف أن وزارة الآثار تعمدت بشكل مباشر عدم تعيين إمام للمسجد من أول رمضان حتى يترك هذا الأمر انطباعًا سيئًا لدى جموع المصلين، بحيث لا يتردد عليه أحد، ولكن عظمة وتاريخ المسجد ما زالت فى قلوب المصلين، الذين يترددون عليه وبكثرة حتى وهو بلا إمام، الأمر الذى يدفعهم إلى اختيار الأصلح منهما لإمامة المصلين، منوها أن كل تلك الممارسات والمضايقات التى تتم داخل ساحة المسجد والتى أثارت غضب جموع المصلين وليس الرفاعية فقط تتم فى تجاهل وغياب تام من وزارة الأوقاف والتى ساهمت وبشكل مباشر مع مخطط الآثار بالاستيلاء الكامل على المسجد وقررت عدم إرسال أمام للمسجد رغم كثرة المصلين.