منذ اليوم الأول لتولى محمد مرسى حكم البلاد فى 30 يونيو 2012 سارع لنقل سلطة التشريع لمجلس الشورى الاخوانى برئاسة الدكتور أحمد فهمي، وذلك لمواجهة حكم المحكمة الدستورية العليا فى 14 يونيو 2012 بحل مجلس الشعب بسبب عدم دستورية القانون الذى أجريت على أساسه الانتخابات ، وذلك بعد أن باءت محاولاته ومكتب إرشاده من مواجهة الحكم والاصرار على استمرار مجلس الشعب رغما عن القانون. كانت بداية الصدام فى خطابه الأول الذى ألقاه مرسى فى جامعة القاهرة، بعد أداء اليمين الدستورية ، وتعهده فيه بعودة "المؤسسات المنتخبة" بحسب تعبيره، فى إشارة إلى مجلس الشعب . وبعد هذا الخطاب بعدة أيام ألغى قرار رئيس المجلس الأعلى للقوات المسلحة، المشير محمد حسين طنطاوى، وزير الدفاع فى ذلك الوقت، بحل مجلس الشعب، تنفيذا لحكم المحكمة الدستورية، وأصدر قرارا بعودة مجلس الشعب المنحل إلى ممارسة مهامه، وهو ما مثل مخالفة للإعلان الدستورى المكمل الصادر عن المجلس العسكرى والذى انتخب مرسى وفقا له، إلا أنه كان للجماعة بأهلها وعشيرتها رأى آخر فمصلحتهم فوق كل شىء بما فيها القانون والدستور وأحكام القضاء . ومن ثم قضت المحكمة الدستورية العليا، بوقف قرار مرسى بعودة مجلس الشعب، وتنفيذ حكم بطلان المجلس كاملا، وحله، وهو الأمر الذى صعد الصدام بين المحكمة والجماعة والرئاسة، ودفع الإخوان إلى الدعوة لمليونية فى ميدان التحرير لدعم قرارات مرسى . تبع ذلك اصدار محكمة النقض قرارا بعدم الاختصاص بنظر الطلب الذى أرسله لها مجلس الشعب، فى الجلسة التى عقدها عقب عودته بقرار مرسى، بشأن تطبيق حكم حل المجلس . واستمر مرسى فى ممارساته الخاطئة بتوجيهات من مكتب الارشاد واستبق جلسة محكمة القضاء الإدارى التى كان مقررا عقدها فى 17 يوليو، لنظر دعاوى بطلان الجمعية التأسيسية لدستور 2012، وصدق على قانون معايير تشكيل الجمعية، الذى أصدره مجلس الشعب المنحل . وفى شهر أغسطس 2012 بعد أن صدت جميع السبل أمام الجماعة ومكتب إرشادها تفتق ذهنهم عن مخرج لهذه الأزمة من خلال منح محمد مرسى باعتباره الرئيس المنتخب سلطة التشريع لمجلس الشورى ليكون المجلس أداة الأخوان التشريعية لسن قوانين غير دستورية لتنفيذ مخططاتهم فى السيطرة على مؤسسات الدولة وذلك على الرغم من احجام المواطنين عن انتخاب نوابه اعترافا منهم بانعدام قيمته وفاعليته السياسية . وبالفعل بدأت لجان الشورى فى اعداد مجموعة من القوانين التى تلبى مصالح الجماعة خلال فترة توليهم الحكم ، وأطلق على هذا المجلس مسمى "مجلس سلق القوانين" حيث ناقش المجلس مشروع قانون الجمعيات الأهلية المقدم من الأخوان والذى يهدف بالأساس إلى السيطرة على المجتمع المدنى ، واستكمالا للمخطط رؤى نقل مقر جلسات الشورى إلى قاعة مجلس الشعب بزعم عدم قدرة القاعة فى الشورى على استيعاب أعداد النواب "المعينين" والذين كان أغلبهم من نواب مجلس الشعب الذى تم حله . واصطدم المجلس بالقضاة عندما بدأوا فى إعداد مشروع قانون السلطة القضائية وتم الموافقة عليه مبدئيا ، وحينها رفض القضاة ممارسات الأخوان واعتصموا بمقر نادى القضاة وفى دار القضاء العالى . إضافة إلى اعداد المجلس مشروعى قانونى مجلس النواب ومباشرة الحقوق السياسية واللذين اثارا جدلا بين طوائف الشعب حيث اتهمت الأحزاب والقوى السياسية نواب الأخوان بتفصيل قوانين للسيطرة على مجلس النواب الجديد بصفة خاصة وعلى مقاليد الحكم بصفة عامة . كما أصر مجلس الشورى الأخوانى على الاصطدام بكافة مؤسسات الدولة ومن بينها الشرطة والقوات المسلحة وذلك من خلال محاولة اعداد مشروعات قوانين للشرطة بهدف هيكلة جهاز الشرطة ، واعداد قوانين للقوات المسلحة رغما عن إرادة أفرادها ومحاولة اقرار قرارات ضد الأمن القومى المصرى . ومن بين القوانين التى اقرها المجلس واثارت جدلا واسعا بين الشعب المصرى قانون الصكوك والذى تمت الموافقة عليه وتمريره دون عرضه على الأزهر ، حيث اثار القانون مخاوف من احتمال بيع أصول مملوكة للدولة فى حالة عجزها عن سداد مستحقات حملة الصكوك ، وكان الأزهر قد رفض مسودة لقانون الصكوك أرسلتها اليه الحكومة معتبرا أنها تتيح تمليك أصول الدولة لحملة الصكوك فى حال التعسر ، وأنها تتيح للاجانب الاكتتاب بلا سقف في الأصول السيادية . وفى يوم 23 يونيو تصاعدت حدة التوترات بين نواب الأخوان والمستقلين عندما قام النائب عبد الرحمن هريدى بدخول قاعة المجلس مرتديا وشاحا مكتوبا عليه عبارة "مطلوب رئيس جديد" وهو الأمر الذى أثار حفيظة نواب حزب الحرية والعدالة وتجمعوا حوله ووقعت بعض المشادات وكادوا أن يعتدوا عليه وطلبوا من رئيس المجلس أحمد فهمى بطرده من القاعة وبالفعل تم طرده وسط حالة من الهرج والمرج لم تشهدها قاعة المجلس من قبل . وبعد هذه الواقعة بستة أيام وبالتحديد يوم 29 يونيو قبل الثورة بيوم واحد قدم 10 من نواب التيار المدنى استقالتهم من عضوية المجلس ، وعللوا ذلك بالحالة التى تمر بها البلاد ، وأنهم استقالوا انحيازا للشعب .