تعد المنيا من المحافظات التي تحوى مئات الآلاف من القطع الأثرية والتي لا تقدر بمال وترصد عصورًا مختلفة مرت بها مصر "فرعونية ورومانية وقبطية وإسلامية"، ولكن المؤسف أن الانفلات الأمنى الذي صاحب ثورة 25 يناير واستمر بعدها شجع العديد من محترفى التجارة الحرام لانتهاك العديد من المواقع الأثرية سواء بالحفر أو التنقيب من أجل البحث عن الآثار فيها، وهى الظاهرة التي تنتشر بكثرة في المحافظة. إلقاء مخلفات المياه والحيوانات تلقى في آثار "الأشمونين" في البداية قال سيد عبدالله محمود، أحد مفتشى الآثار بالمنيا، إن أحد المعابد الموجودة في منطقة الأشمونين الأثرية بمدينة ملوى أقامه الإمبراطور "نيرون" للإله "تحوت" تقربا وتعبدًا له، والباقي منه حاليًا أجزاء من الصرح وبهو الأعمدة، وتعرض المعبد لإهمال شديد لسنوات طويلة من المسئولين، فضلًا عن الانتهاكات التي يتعرض لها من الأهالي، خاصة مع عدم وجود سور يحيط به، حيث يقومون بإلقاء مخلفات المياه والحيوانات فيه مما أدى لتوحش الأملاح التي تنهش فيما تبقي منه. من جانبه قال يحيي زكريا، مدير آثار المنيا الفرعونية، إن مخازن الآثار بمنطقة البهنسا ببني مزار لم تسلم خلال فترة الانفلات الأمني من هجوم اللصوص وتمت مواجهتهم، ولكنهم قاموا بالعبث في منطقة الأشمونيين الأثرية ومناطق أخرى عديدة بالمحافظة. حراسة آثار البهنسا ب"النبوت" منطقة "قرارة" من المناطق الأثرية التابعة للبهنسا بمركز بنى مزار تعاني من الانفلات الأمني، في ظل عدم وجود الحراسة الكافية وعدم توافر وسائل الأمان لحماية المناطق الأثرية، فالمنطقة التي يبلغ عرضها نحو 8 كيلومترات وطولها نحو 70 كيلومترًا مازالت تحرس ب"النبوت" والخفراء لا يحركون ساكنًا وليست معهم أسلحة حديثة تساعدهم على ملاحقة اللصوص أو حتى تمكنهم من المرور على هذه المنطقة المترامية الأطراف، كما أن برج المراقبة تم تدميره. تفجير المعالم الأثرية بجبل الطير بالدناميت تحت تهديد السلاح محمد عبدالحميد السيد، موظف مقيم بجبل الطير بمركز سمالوط، قال إن بعض التعديات والتنقيب من جانب منقبى الآثار يقوم المتعدون بالحفر في المناطق المحيطة بجبل الطير بحثا عن الآثار، باستخدام الديناميت، مما يؤدي إلى تشويه المحاجر الأثرية، والأمر كذلك بالنسبة لدير العذراء في جبل الطير بسمالوط، وهناك تعديات بالبناء تحت تهديد السلاح وضرب مفتشي الآثار بعد رفضهم الانصياع لذلك أو الحصول على رشوة للتغاضي عنه. وقال مينا جرجس نبيل، أحد المرشدين السياحين بالمنيا، إن سبب زيادة التعديات على الآثار غياب الرقابة والفوضى وانشغال الداخلية عن حماية الآثار بأمور كثيرة، مما يتطلب رفع كفاء مراقبى ومشرفي الأمن بالوزارة والإشراف والسيطرة عليهم عن طريق لجان تعمل 24 سنة، وزيادة عدد العاملين عن طريق عمل نوبتجيات أو ورديات للوجود المستمر، وإنشاء مشاريع سحب المياه الجوفية والصرف الزراعى والصحى من الأماكن التي تشكو ارتفاع منسوبها.