كذب الدكتور إبراهيم بدران « رئيس المجمع العلمي ووزير الصحة الاسبق » ما قاله الدكتور أحمد زويل في إحدى المقابلات التلفزيونية مع الاعلامي مجدى الجلاد إنه تعب كثيرا في بناء الجامعة، و أقسم الدكتور بدران بان زويل لم يضع طوبة واحدة في جامعة النيل، مشيرا إلى أنه الذي قام بتوقيع العقد الخاص بالأرض وقام بإنهاء كافة الأمور الإدارية الخاصة ببناء الجامعة. وأشار إلى أنه قال للدكتور زويل« اقبل يدك أن تستمر جامعة النيل» ولكن زويل رفض وقال إنه لا يقبل أن يحتوي جامعة النيل، مؤكدا أن الجامعة تنمو يوميا، ووصلت إلى عشرة تخصصات حالياً. ورفض بدران في برنامج «ستوديو القاهرة» الذي يقدمه محمود الورواري إتهام طلاب جامعة النيل بالعمالة لإسرائيل من قبل الإعلامى أحمد المسلمانى لدفاعهم عن قضية جامعتهم منتقداً فكرة التخوين في العلم، ومطالبا من يطرح تلك الفكرة بأن يتوقف عن ذلك. وأضاف بدران «أن الجامعة نجحت حتى الآن في تخريج عشرات العلماء وخطفت الجامعات العالمية والدولية أكثر من 40 عالم منهم، و أنه عرض على الدكتور أحمد زويل أن تحصل جامعته على 20 فدانا من 300 فدان ورفض.