تعاني محطات المياه بمحافظة الفيوم، من مشاكل لا تعد ولا تحصى، بداية من كسر لخطوط مياه الشرب والصرف الصحي، ومتطلبات عمليات الصيانة لشبكات المياه، ومعالجة الاختناقات للشبكات، وانقطاع التيار الكهربائي داخل المحطات، وعدم عمل المولدات إلا لفترة قصيرة، بالإضافة إلى تلوث المياه والتي تحتاج لمجهود كبير لإعادة تنظيفها وتحويلها إلى مياه صالحة للشر، ولكن المشكلة الأكبر أنه لا يوجد أي تمويل للقضاء على هذه المشاكل. وتقدم أحمد علي محافظ الفيوم الأسبق، بملف كامل إلى رئاسة الجمهورية وقتها، يضم مشكلات تمويل وأسباب توقف المشروعات الملحة والحيوية في قطاع مياه الشرب والصرف الصحي، موضحًا أنه يحتاج إلى 45 مليون جنيه للقضاء نهائيًا على مشكلات مياه الشرب والصرف الصحي. وتعتمد محطات مياه الشرب على سحب المياه من ثلاثة أماكن، وهي بحر يوسف وبحر حسن واصف ونهر النيل، والتي تمتلئ بالقمامة، كما أنهم المصدر الرئيسي لتفريغ الصرف الصحي العشوائي، حيث يقوم جميع أهالي قرى ومراكز محافظة الفيوم بتصريف الصرف الصحي في بحر يوسف وبحر حسن واصف، بالإضافة إلى إلقاء القمامة، والحيوانات النافقة، ما يسبب صعوبة في تنظيف المياه وتطهيرها مرة أخرى. على جانب آخر، يتسبب مصنع الكيماويات التابع للقوات المسلحة بالمنطقة الصناعية بكوم أوشيم في تلوث مياه الشرب، نتيجة إلقاء مخلفات المصنع الكيماوية في المجاري المائية المختلفة، والتي يصعب تطهيرها مما تسبب في إصابة الأهالي بأمراض الفشل الكلوي، والفيروسات الكبدية، نتيجة شرب مياه غير صالحة حيث أكد الأهالي أن مياه الشرب تنزل من الصنبور وبها حشرات، كما أنها تسببت في تسمم 17 شخص من القرية نهاية العام الماضي. وأوضحت إحدى السيدات أنها ترى عربات الصرف الصحي تفرغ محتوياتها عند مأخذ مياه الشرب بالقرب من القرية والتي يتم رفع المياه منها وتنقيتها عبر محطة الرفع لإعادة ضخها للشرب مرة أخرى. وأكد مصدر مسؤول، أن محطات المياه تعاني معاناة كبيرة بسبب انقطاع التيار الكهربائي عن المحطة لأوقات طويلة، وأنّ المولدات لا تعمل إلا لفترة قصيرة، مُطالبا بإصدار قرار بمنع انقطاع التيار الكهربائي عن محطات المياه.