أصدر الرئيس المنتخب عبد الفتاح السيسي قراراً جمهوريًا بشأن تنظيم الأمانة العامة لمجلس الدفاع الوطني، يحدد اختصاصاتها وتشكيلها ومقرها. وقال السفير إيهاب بدوي، المتحدث الرسمي باسم رئاسة الجمهورية، إن القرار ينص على تشكيل الأمانة العامة لمجلس الدفاع الوطني، برئاسة الأمين العام، وعدد كاف من الأعضاء ويكون مقرها وزارة الدفاع. وأضاف "بدوي" بأنه طبقاً للقرار تختص الأمانة العامة بعدة مسائل بينها إعداد مشروع جدول أعمال اجتماعات مجلس الدفاع الوطنى، وتحضير الموضوعات التي تطرح فى الجلسة، وتلقى تقارير الوزراء، وقادة القوات المسلحة والمختصين بالدولة والمطلوب عرضها على المجلس وإعداد الدراسات والبحوث والوثائق والمستندات اللازمة لأعمال المجلس. كما تختص الأمانة بالقيام بإجراءات الدعوة لعقد جلسات المجلس العادية وغير العادية والقيام بأعمال السكرتارية لجلسات المجلس واتخاذ الإجراءات اللازمة لتنفيذ قرارات المجلس، ومتابعة تنفيذها وحفظ وثائق المجلس ومحاضر الجلسات واتخاذ الإجراءات اللازمة لتأمينها. وينص القرار أيضا على أن تقوم بإعداد تقرير نصف سنوى فى شهرى يناير ويوليو من كل عام، وآخر سنوياً يتضمن بياناً بالموضوعات والمسائل التى نظرت أمام المجلس، على أن يعرض التقرير على رئيس المجلس وتنفيذ أية مهام أخرى توكل إليها. وقد نص القرار على أنه يصدر بتعيين الأمين العام للمجلس وتحديد معاملته المالية قرار من رئيس الجمهورية بناءً على ترشيح وزير الدفاع وتعيين أعضاء الأمانة العامة من ضباط القوات المسلحة وغيرهم من الجهات المختصة بالدولة، ويصدر بتعيينهم قرار من وزير الدفاع، على ألا تقل درجة أى منهم عن الدرجة الممتازة أو ما يعادلها. وينص القرار على أنه يلحق بالأمانة العامة عدد كاف من الضباط والأفراد من القوات المسلحة لمعاونة الأمانة العامة فى أعمالها، ويفوض وزير الدفاع فى إختيارهم. ويتولى الأمين العام أمانة سر المجلس، وله حضور جلساته دون أن يكون له صوت معدود وفى حال غيابه يحل محله من يكلفه رئيس المجلس من أعضاء الأمانة. ويعد الأمين العام جدول أعمال المجلس بناءاً على طلب رئيس المجلس، ويجب أن يرسله لأعضاء المجلس قبل موعد إنعقاد الجلسة بيومين على الأقل، وتوقع محاضر وقرارات المجلس من رئيسه وأمين سر المجلس، وترسل القرارات إلى الجهات المختصة بالتنفيذ. وينص القرار أيضاً على أن الأمين العام للمجلس يُمثّل أمام القضاء وفي علاقته مع الغير، ويكون له سلطات الوزير بالنسبة للشئون المالية والإدارية بالأمانة ولجميع أعضائها والعاملين بها، وله الاتصال بجميع مؤسسات الدولة الدستورية وأجهزتها التنفيذية وسائر الجهات في أي شأن يتعلق بالمجلس وأعماله وله أن يطلب منها أي مستندات أو وثائق لأزمة لعمل المجلس. ويُنشأ بالأمانة العامة ما يلزم من سجلات وملفات لضمان حسن سير العمل بالمجلس وانتظامه وعلى وجه الخصوص السجلات والملفات كسجل محاضر اجتماعات المجلس، وسجل قرارات المجلس، ومتابعة تنفيذ قرارات المجلس، وسجل للمكاتبات الواردة والصادرة، وملف لحفظ صور المكاتبات. ويحدد بقرار من الأمين العام درجة سرية السجلات والملفات والمكاتبات، ومن له حق الإطلاع عليها، وكيفية حفظها وتداولها.