حدد مشروع قانون إنشاء المجلس الأعلى لمواجهة الإرهاب والتطرف 18 اختصاص وهى : 1 وضع إقرار استراتيجية وطنية شاملة لمواجهة الإرهاب والتطرف داخليا وخارجيا كل 5 سنوات.
2 وضع إقرار سياسات وخطط وبرامج لمواجهة الإرهاب والتطرف لجميع أجهزة الدولة المعنية، بما يحدد دورها التنسيقى مع باقى الجهات، ووفقا لجداول زمنية محددة.
3 وضع آليات متابعة تنفيذ الاستراتيجية الوطنية لمواجهة الإرهاب والتطرف والرقابة على تنفيذ تفصيلاتها.
4 التنسيق مع المؤسسات الدينية والأجهزة الأمنية والإعلامية، لتمكين الخطاب الدينى الوسطى المعتدل، ونشر مفاهيم الدين الصحيحة بالمجتمع فى مواجهة الخطاب المتشدد بكل صوره.
5 وضع برامج لزيادة الوعى لدى المواطنين بمخاطر الإرهاب والتطرف، خاصة فى المجالات الثقافية والتوعوية والرياضية.
6 العمل على إنشاء مراكز للنصح والارشاد والمساعدة والاستعانة برجال الدين والمتخصصين فى علم النفس والاجتماع.
7 اقتراح الخطط اللازمة لإتاحة فرص عمل بالمناطق التى يتركز فيها الفكر المتطرف، وتنميتها صناعيا، وكذلك تطوير المناطق العشوائية على أن تكون تلك المناطق ذات أولوية بالتنسيق مع مؤسسات الدولة المختلفة.
8 اقتراح تعديل التشريعات ذات الصلة لمواجهة اوجه القصور خاصة فى الإجراءات وصولا إلى العدالة الناجزة، وأخذ رأيه فى مشروعات القوانين ذات الصلة بمكافحة الإرهاب والتطرف.
9 وضع آلية محددة ومتطورة للتنسيق والتعاون بين كل الأجهزة الأمنية والسياسية مع نظيرتها بالمجتمع الدولي، وخاصة دول الجوار ودول العمق الأمنى والاستراتيجى فى مجال الإرهاب والتطرف.
10 السعى لإنشاء كيان إقليمى خاص يجمع الدول العربية للتنسيق الأمنى فى مجال مكافحة الإرهاب والجريمة المنظمة، وتوحيد الموقف العربى تجاه قضايا الإرهاب، خاصة فى الجانب الإعلامي، وذلك بالتنسيق بين كل الجهات المعنية لمكافحة الإرهاب والتطرف.
11 وضع آلية لاتخاذ الإجراءات القانونية الواجب اتخاذها ضد المنظمات والحركات والدول الداعمة للتطرف والإرهاب، والقنوات الإعلامية المعادية التى تبث من خارج البلاد.
12 نشر تقرير سنوى لتعريف المجتمع الدولى بحقيقة التنظيمات الإرهابية ودور الدول والمنظمات والحركات الداعمة للإرهاب ضد الدولة المصرية ودول الجوار.
13 العمل على وضع محاور لتطوير المناهج الدراسية بمختلف المراحل التعليمية، بمايدعم مبدأ المواطنة وقبول الآخر ونبذ العنف والتطرف.
14 وضع آليات تنفيذية لتجفيف مصادر تمويل الإرهاب والتطرف، مع تكثيف الجهود فى هذا المجال.
