يواصل نادي الزمالك عجزه عن تحقيق البطولة الأفريقية للعام الخامس عشر على التوالي حيث أن أخر نسخة شهدت الزمالك بطلاً كانت عام 2002 . ليواصل نادي الزمالك أرقامه السلبية في بطولة دوري أبطال أفريقيا إذ يكفي أن نعرف أن أكثر فرق أفريقيا السمراء يحتل المركز الأخير فيما يعرف بدوري المجموعات هو نادي الزمالك .
حيث ودع المسابقة عام 2003 من دور ال16 بركلات الترجيح على يد فريق سيمبا التنزاني حين فاز إيابا في القاهرة بهدف عبد الحليم علي بعد الخسارة ذهابا بنفس النتيجة. وفي نفس البطولة عام 2004 خرج من دور ال32 علي يد الفريق الرواندي آرمي باتريوريتيك بعد الخسارة بنتيجة 4 – 1 .
عام 2005 كان خروج الزمالك علي يد غريمه التقليدي الأهلي المصري حيث تقابلاً الفريقين في دور قبل النهائي وكان لقاء الذهاب أنتهي لصالح الأهلي بهدفين مقابل هدف ، ومباراة الإياب تفوق الأهلي مهدفين مقابل لا شئ وبهذه يقسي الزمالك من البطولة وحمل الأهلي المصري اللقب حينها .
في 2006 لم يتأهل الزمالك للمشاركة في البطولة .
في عام 2007 واجه الزمالك فريق الهلال السوداني في دور ال32، وخسر في مباراة الذهاب بنتيجة 2/0، وفشل في العودة أن يحقق النتيجة المطلوبة بالفوز بفارق 3 أهداف، وتعادل بنتيجة 2/2، أحرزهما عمرو زكي وجمال حمزة، وخرج الفريق من البطولة.
حدث في عام 2008 بعد لعب في المجموعة الأولى مع فرق الأهلي وديناموز الزمبابوي وأسيك الإيفواري ، فاز الزمالك في لقاء واحد وتعادل في لقاءين وخسر ثلاث لقاءات ليحتل المركز الأخير ويصعد الأهلي كأول مجموعة و ديناموز كثاني .
ولم يشارك المارد الأبيض في الابطولات الأفريقية عام 2009 و2010 وجاء في 2011 بالخروج المبكر من دور 32 علي يد الإفريقي التونسي بمجموع اللقائين 4_5 لصالح النادي التونسي .
وفي 2012 ودع البطولة من دور المجموعات في المجموعة التي ضمت الأهلي المصري و مازيمبي و بيريكوم تشيلسي وأحتل المركز الأخير بنفطتين فقط .
وتكرار نفس سيناريو 2012 في 2013 حيث اجتمع الناديين المصريين المجموعة ولكن أنهي الأهلي دور المجموعات متصدر ب 11 نقطة ولكن الزمالك في المركز الثالث برصيد 7 نقاط ليودع البطولة رسمياً .
2014 أستطاع أن يوصل لدور المجموعات للسنة الثالثة علي التوالي ولكن تذيل مجموعته ب 4 نقاط ليخرج من البطولة .
2015 خرج الزمالك من دور 16 علي يد النجم الساحلي ليتجه إلي الكونفدرالية ويخرج من قبل النهائي إيضا .
2016 أستطاعت القلعة البيضاء الأستعانة ببريقها نوعاً ما بعد الوصول إلي نهائي دور أبطال إفريقيا لمواجهة صن داونز الجنوب إفريقي ولكن الفرحة لم تكتمل بعد خسارة الزمالك النهائي بمجموع اللقائين 3_1 لصالح الفريق الإفريقي .
