احتلت جامعة الزقازيق الترتيب رقم 594 عالميا، والسابع مصريًا، وفقًا لتقرير SCIMAGO INSTITUTIONAL RANKINGS لعام 2016، المبني على قاعدة بيانات SCOUPS، والخاص بتقييم البحث العلمي في مؤسسات التعليم العالي، وعددها 5147. وصرح الدكتور خالد عبد الباري رئيس جامعة الزقازيق، بأن التقييم يتم على عدد الأبحاث الدولية المنشورة في مجلات دولية مفهرسة وعدد الإشارات المرجعية لتلك الأبحاث والعديد من العوامل الأخرى التي تقيس كفاءة البحث العلمي في مؤسسات التعليم العالي.