إنتهت مراسم واجراءات دفن جثمان البابا شنودة الثالث - بابا الاسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية - بدير الانبا بيشوى بوادي النطرون؛ وتم وضع جثمان قداسة البابا داخل المزار الرخامي أو ما يسمي ب«الطافوس» أو «القبر». وقد تمكنت قوات الشرطة العسكرية ورهبان دير الأنبا بيشوي في وادي النطرون بمحافظة البحيرة من افساح الطريق أمام السيارة التي تحمل جثمان البابا شنودة الثالث، حيث دخلت الدير بصعوبة بالغة بعد نصف ساعة تقريبا بسبب تدافع جماهير حاشدة نحو السيارة حيث توافد مئات الأقباط إلى دير الأنبا بيشوي بوادي النطرون لحضور مراسم دفن البابا شنودة الثالث عقب أداء صلاة الجنازة عليه بالكاتدرائية المرقسية بالعباسية . وأغلق الدير أبوابه التزامًا بقرار الكنيسة الذي يقضي بمنع زيارة الدير يومي الثلاثاء والأربعاء فيما تمركزت لجان التفتيش على بعد 20 كيلو مترا من الأبواب الرئيسية للدير موزعة على لجنتين شعبيتين من المسلمين والأقباط لمعاونة ضباط الشرطة في إجراءات التفتيش للعبور إلى البوابة الرئيسية . وأحاطت سيارات الإسعاف بالدير من كافة جوانبه وبلغ عددها 14 سيارة ورفع موظفو الإسعاف لافتة تحمل عبارة "عزاء رجال الإسعاف في قداسة البابا وداعًا قداسة البابا ". وانتشر أفراد الشرطة العسكرية بين الكنائس الأثرية المجاورة، وأحيطت مقبرة البابا بتكثيف عسكري من كل اتجاه ، وحظر مسئول التنظيم بالدير شباب الكشافة من وضع أيديهم على المقبرة، وشهد محيط المقبرة حضور أفراد من أسرة البابا شنودة، الذين رفضوا الإدلاء بأي تصريحات لوسائل الإعلام. وقاد قائد الشرطة العسكرية اللواء حمدي بدين عملية فتح طريق للسيارة بمساعدة الرهبان حتى وصل إلى ساحة الدير، لتبدأ على الفور إجراءات مواراة جثمان البابا بمرقده، بعد ان احتشد آلاف أمام الباب الرئيسي للدير، وقد صعد أحد المشيعين على ظهر سيارة الاسعاف وانزله رجال الشرطة العسكرية. وقد وقعت بعض الاحتكاكات بين جماهير المشيعيين للبابا بقساوسة دير الأنبا بيشوي وعناصر الشرطة العسكرية في محاولة للوصول إلى تابوت البابا والتشبث به، فيما تعانقت أصوات قرع أجراس الدير مع آهات ونواح الجماهير، وستكون زيارة المدفن على مدار غد وبعد غد. إلى ذلك أعلن الدير أن مراسم الدفن لم تتجاوز نصف ساعة لأنها تقتصر على صلاة قصيرة، وبعدها ينصرف الجميع وأعلن الدير عن إقامة مزار باسم البابا شنودة تتضمن متعلقاته من ملابس الدير كهانوتي ، وصوره منذ مرحلة الطفولة حتى البابوية. ويعتبر دير الأنبا بيشوى هو المكان المفضل للبابا شنودة، ففى هذا الدير تم إخباره بنبأ انتخابه بطريرك للكنيسة القبطية فى نوفمبر 1971، وفيه أيضا قضى أكثر من سنتين رهنا للاقامة الجبرية بعد قيام الرئيس أنورالسادات بالتحفظ عليه وتحديد إقامته به على خلفية أحداث الفتنة الطائفية بالزاوية الحمراء. وتعود قصة المقبرة كما يرويها رهبان دير الأنبا بيشوي ، إلى 7 سنوات حسبما أفاد الراهب القمس توما الأنبا بيشوي الذي قضى في الرهبنة 27 عامًا ورافق البابا خلال فترة إمامته الجبرية بالدير ، ويقول القمص توما أن المقبرة أعدت منذ 7 سنوات لكن ذلك لم يعلن وما حدث مؤخرًا هو إعادة تجهيزها للدفن.