رفض البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية وساطة الأنبا أنطونيوس نجيب بطريرك الأقباط الكاثوليك ومار أغناطيوس زكا الأول بطريرك السريان الأرثوذكس والقس صفوت البياضي رئيس الطائفة الإنجيلية لإثنائه عن قراره بالانسحاب من مجلس كنائس الشرق الأوسط علي خلفية الخلاف الذي نشب بين أحد أساقفة الكنيسة الأرثوذكسية بالقدس مع الأنبا بيشوي سكرتير المجمع المقدس. البابا شنودة أصر علي قرار الانسحاب وعدم الرجوع عنه إلا بعد اعتذار رسمي من بطريرك القدس.