منذ أن كان مديرًا فنيًا للأهلى مرورًا بتوليه رئاسة نادى بيراميدز ارتبط اسم حسام البدرى بالعديد من الأزمات آخرها توتر علاقته بجمهور القلعة الحمراء ومجلس إدارة الأهلى برئاسة محمود الخطيب. ورغم توليه مهمة تدريب المنتخب الوطنى منذ فترة قصيرة عقب إقالة المكسيكى خافيير أجيرى الذى فشل فى بلوغ ربع نهائى أمم إفريقيا سيكون على البدرى تغيير إستراتيجيته وإتباع سياسة الإحتواء مع المنتخب. ورغم ذلك تورط البدرى فى بعض الأزمات إلا إنها مرت حتى الآن مرور الكرام وآخر تلك الأزمات التى أثارها البدرى منذ توليه مهمة قيادة الفراعنة إعلانه انضمام محمود عبدالمنعم كهربا لاعب نادى ديسبورتيفو أفيس البرتغالى إلى معسكر المنتخب المقبل، وهو ما أشعل أزمة كبيرة بين مدرب المنتخب وجماهير الزمالك التى اتهمت البدرى بأنه ضم كهربا مجاملة للأهلى، خاصة أنه لا يشارك بصفة أساسية مع فريقه البرتغالى وأنه يقوم بتجهيز كهربا للقلعة الحمراء عبر المنتخب. واندلعت أزمة كهربا مع جماهير الزمالك منذ أن قرر اللاعب فسخ عقده مع القلعة البيضاء من جانب واحد والسفر للبحث عن فرصة للعب فى البرتغال وانضم بالفعل لنادى أفيس.. وفوجئ الجميع بعد ذلك بتوقيع كهربا للأهلى. أيضا من ضمن الأزمات التى افتعلها البدرى كانت خلال المؤتمر الصحفى الخاص بتقديمه مديرًا فنيًا لمنتخب الفراعنة، حيث فجر البدرى أزمة كبرى بعد إعلانه أن الأقدمية لن تكون العامل الرئيسى فى اختيار قائد الفراعنة. تفسير تصريحات البدرى صب فى صالح محمد صلاح، وظهرت تأكيدات بأن البدرى يريد أن يخمد ثورة صلاح الغاضب من عدم احتساب تصويت مصر فى جائزة الأفضل على مستوى العالم بمنحه شارة القيادة. الأزمة تسببت فى غضب أحمد فتحى، الذى يرفض التخلى عن الشارة، وهناك أنباء عن غضب آخر من عبد الله السعيد وأحمد حجازى، خصوصًا أن لهم الأسبقية فى حمل الشارة قبل صلاح. ويستعد المنتخب الوطنى للظهور الرسمى الأول تحت قيادة الجهاز الفنى الجديدوذلك خلال مواجهتى كينيا وجزر القمر يومى 14 و18 نوفمبر بالجولتين الأولى والثانية من التصفيات المؤهلة لأمم إفريقيا 2021 بالكاميرون. الجدير بالذكر أن حسام البدرى اشتهر خلال مسيرته التدريبة بافتعال العديد من الأزمات أبرزها دخوله فى صدام مع نجوم الأهلى من قبل وكان سببًا فى رحيل بعضهم عن القلعة الحمراء خلال توليه تدريب الفريق، ووجهت اتهامات للبدرى وقتها بأنه تعمد عدم إشراكهم للرحيل عن الفريق أمثال أمير عبدالحميد وعماد متعب ومحمد شوقى وأحمد بلال وأحمد صديق وأحمد حمدى وغيرهم من اللاعبين. أيضا من ضمن الأزمات التى تورط بها البدرى، هو عدم قناعته بمستوى بعض اللاعبين وهو ما تسبب فى ضياع العديد من الصفقات على الأهلى، أبرزها الثنائى حسين الشحات والبرازيلى كينو حيث كان يرى البدرى وقت توليه مسئولية تدريب الأهلى أن هذا الثنائى لا يصلح للعب فى القلعة الحمراء.
