نفي الأزهر الشريف جملةً وتفصيلاً ما تردد من مطالبة رئيس الجمهورية د .مرسي بالاعتذار عن عدم توقير شيخ الأزهر د. احمد الطيب بتخصيص مكان لائق له. واوضح في بيان له أن ما تردد في هذا الشأن عارٍ تمامًا عن الصحة، كما لم تحدث أي اتصالات بين شيخ الأزهر ورئيس الدولة ولم يرد في البيان الصادر عن الأزهر ما يشير إلي ذلك ولو بحرف واحد، وإنما الوارد هو الاختلاف مع إدارة البروتوكول برئاسة الجمهورية. وشدد الأزهر اعتزازه وتقديره للسيد الرئيس، داعيا الله أن يكلل جهوده بالتوفيق واستكمال أهداف الثورة، وتحقيق آمال الشعب المصري. كما أكد البيان أن الدكتور أحمد الطيب، شيخ الأزهر، يقدر الرئيس الدكتور محمد مرسي، ويستبشر خيرا بفترة رئاسته، كما أن علماء الأزهر يقدرون الرئيس الجديد ، ولم ينسوا له ذكر الأزهر في كل خطاب ألقاه وتأكيده علي دعم واستقلال الأزهر، مشيرا إلي أن شيخ الأزهر وعلماءه سيقفون دائما خلف رئيس البلاد يقدمون له النصح والإرشاد. وكان الأزهر قد أصدر بيانا يوضح أسباب انصراف شيخ الأزهر د.أحمد الطيب من حفل خطاب الرئيس د. محمد مرسي بجامعة القاهرة، حيث أكد الأزهر الشريف أنه تلافيًا لأيِّ نوعٍ من سُوء الفهمِ في هذا الموقف فإن الأزهر يوضح أنه لم يكن هناك مكان مخصص لاستقبال شيخ الأزهر ضمن كبار الضيوف الذين خصص لهم صالون خاص مرفق بالقاعة الرئيسية، بما اضطر شيخ الأزهر للجلوس فترة في مقاعد الصالة العامة وانتظر طويلاً ثم آثر الانصراف حرصًا علي كرامة الأزهر وعلمائه. وأشار البيان إلي أنه كان من المتفق عليه، تقديرًا لهذه المناسبة الكريمة، أن يشارك أعضاء هيئة كبار العلماء – في أول نشاط رسمي لهم – في هذا الحفل، وأن يكون شيخ الأزهر في الموقع اللائق بمكانته، وقد فوجئ السادة العلماء أعضاء الهيئة بعدم تخصيص أماكن لهم، وحين استقرَّ بعضهم في أماكن خالية من الصف الثالث بالقاعة، طلب إليهم – وهم كبار السن فضلا عن مكانتهم الرفيعة علمًا وعملا – أن يغادروها إلي غير مكان مُحدَّدٍ.