انتقد الأزهر الشريف فتوى فضيلة الدكتور يوسف القرضاوي، رئيس الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين، عضو هيئة كبار العلماء بالأزهر، والتي اعتبر فيها أن خروج الملايين من شعب مصر في الثلاثين من يونيو بهذه الصورة التي لم يسبق لها مثيل انقلاب عسكري، استعان فيه الفريق أول عبد الفتاح السيسي القائد العام للقوات المسلحة وزير الدفاع، بمن لا يمثلون الشعب المصري و من بينهم فضيلة الإمام الأكبر الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر، مبيناً أن في تلك الفتوى تعسف في الحكم ومجازفة في النَّظَر. وأوضح بيان للأزهر اليوم أن فتوى الدكتور يوسف القرضاوي إنما تعكس فقط رأي من يؤيدهم وتقاتل الناس حول الحكم والسياسة باسم الدين، مبيناً أنه ما سل سيف في الإسلام على قاعدة دينية مثل ما سل على الإمامة في كل زمان. كما أن ما ورد بعد ذلك في هذه الفتوى من ألفاظ وعبارات وغمز ولمز لا تنبئ إلا عن إمعان في الفتنة وتوزيع لمراسم الإساءات على ربوع الأمة وممثليها ورموزها وإن الأزهر الشريف يعف عن الرد عليها. وأشار البيان إلى أن فضيلة الإمام الأكبر الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر الشريف لم يكن ليتخلف عن دعوة دعا لها كل القوى الوطنية والرموز السياسية والدينية بما فيها حزب الحرية والعدالة نفسه في لحظة تاريخية بلغت فيها القلوب الحناجر وفي موقف وطني يعد فيه التخلف خيانة للواجب المفروض بحكم المسؤولية وذلك استجابةً لصوت الشعب الذي عبر عن نفسه بهذه الصورة السلمية الحضارية والتي لم تفترق عن الخامس والعشرين من يناير في شيء. كما أن شيخ الأزهر أكبر من أن يقف مع طائفة ضد طائفة، والجميع يعلم كم سعى و جاهد للحيلولة دون الوصول إلى هذه النُّقطة الحرجة التي لطالما حذَر منها ولم يعبأ بها أحد ويجب أن يسأل عنها كل من أوصل البلاد إلى هذه الحافة، وليراجع كل من لا يعلم البيانات الأخيرة التي صدرت في هذه الفترة ليتبين له ذلك. كما أكد البيان أن موقف الإمام الأكبر إنما كان ولا زال نابعا من ثوابت الأزهر الوطنية، التي تعد من مقاصد الشريعة، ومعرفته العميقة الثاقبة للنصوص الشرعية بإنزالها على حكم الواقع لا بعزلها عنه مع ضمان المحافظة على الثوابت والقواعد، فالعارف هو العارف بزمانه، وليس العارف هو الذي يميز بين الخير والشر، إنما العارف هو الذي يميز بين أي الخيرين شر، وأي الشرين خير.