رفض الدكتور محمد بديع، المرشد العام للإخوان المسلمين، الخروج من معتقله لحضور التحقيق الذي يجريه معه أعضاء النيابة العامة في سلطة الانقلاب العسكري في التهم الملفقة له من الانقلابيين، ما أرغم أعضاء النيابة على الذهاب إلى محبسه في محاولة منهم لإخراجه إلى غرفة التحقيق، إلا أنه واجههم بعدم الاعتراف بهم وبالانقلاب العسكري، وذلك حسب بوابة الشروق الإلكترونية. وأصر المرشد على عدم حضور تحقيقات نيابة الانقلاب العسكري، قائلا لحرس السجن الذي يخبره بطلبه للتحقيق: "لقد قتلتم ابني وحرقتم منزلي والآن أنا رهن الاعتقال بين أيديكم، فلن أخرج من مكاني، ولا أعترف بشرعية هذا الانقلاب العسكري".
ورفض، فضيلة المرشد الخروج من معتقله، مجوهها حديثه لمحققي سلطة الانقلاب بلهجة شديدة بأنه لا يعترف بالنيابة العامة ولا نائب عام الانقلاب، ما دفع محققي الانقلاب لاستكمال التحقيق معه في الزنزانة الانفرادي التي تم إيداعه فيها.
واتهمت سلطة الانقلاب العسكري الدكتور محمد بديع المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين، باتهامات باطلة ملفقة، منها التحريض على قتل المتظاهرين في أحداث مكتب الإرشاد الأخيرة بالمقطم، والتي قتل فيها أعضاء من الجماعة.