مع خروج هيئة كبار العلماء للنور برئاسة الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر، بعد موافقة الدكتور كمال الجنزورى على تأسيسها مؤخرا، ظهرت علامات استفهام حول تشكيل الهيئة فى ذلك التوقيت خاصة أنها خرجت قبل إعلان اسم رئيس الجمهورية بساعات وفى ظل غياب مجلس الشعب الذى ينادى بتعديل قانون الأزهر بشكل شامل. انتقد الكثيرون تشكيل الهيئة مؤكدين أنها خرجت لدعم شيخ الأزهر فى مواجهة الإخوان والسلفيين، فى حين يرى آخرون أنها تمثل كل التيارات من أزهريين وإخوان وسلفيين ولا يوجد بها إقصاء لأى تيار. أكد الدكتور محمد الشحات الجندى عضو مجمع البحوث الإسلامية، أن هيئة كبار العلماء ستقف ضد الرياح العاتية من جانب التيارات الدينية وخاصة المتشددة منها، لأن الهيئة تضم علماء كبارا يحملون الفكر الوسطى وقادرين على تلبية أولويات الوطن فى تلك المرحلة الفارقة فى تاريخ مصر الحديث. لافتاً إلى أن أعضاء الهيئة سيقدمون رؤية الإسلام فى القضايا المثارة على الساحة من خلال الخبراء فى كافة المجالات. وأشار الجندى إلى أن الهيئة بتشكيلها تحوى علماء راسخين فى العلم وقادرين على التعبير عن فكر الأزهر والتصدى لأى أفكار أخرى سواء إخوانية أو سلفية، فالهيئة ستكون الناصح الأمين لكل القوى الوطنية فى وقت يحتاج إلى تكاتف الجميع وليس تغليب فكر أو تيار على ما سواه. وشدد على أنه لا يجوز لأحد أن يشكك فى الهيئة ولا تشكيلها فعلماؤها كفيلون برفع راية الأزهر صاحب المنارة العلمية والدور الوطنى والدعوى. وقال الدكتور محمود مهنا عضو هيئة كبار العلماء، إن إنشاء الهيئة لم يكن لمحاربة تيار أو فكر ولكن خرجت الفكرة من بين أعضاء مجمع البحوث الإسلامية عقب اندلاع ثورة يناير، وذلك بهدف استعادة هيبة العلماء وكرامتهم واستقلال الأزهر، لافتا إلى أن شيخ الأزهر لم ينفرد بتشكيل الهيئة رغم أن القانون يتيح له ذلك، ولكنه أوكل الأمر إلى لجنة برئاسة الدكتور حسن الشافعى رئيس المكتب الفنى بالمشيخة ورئيس مجمع اللغة العربية، مشيرا إلى أن الهيئة ستتصدى وتقاوم الأفكار الإخوانية والسلفية والشيعية لأن تلك التيارات ليس فى مصلحتها وجود الأزهر قويا شامخا. لافتا إلى أن الأزهر أرسل قائمة كبار العلماء إلى مجلس الوزراء منذ شهرين ولم تتم الموافقة عليها سوى قبل إعلان اسم رئيس الجمهورية الفائز فى الانتخابات ب24 ساعة فقط، مما أدى إلى إحراج الأزهر وكأن المؤسسة الدينية تقصد ذلك وهذا ليس صحيحا. وأضاف مهنا أن شيخ الأزهر لم يستغل الأوضاع كما يروج البعض لإصدار بنود قانون الأزهر وإعلان تشكيل هيئة كبار العلماء، فقد كان يريد ترك المنصب فهو زاهد ونظيف اليد ولا يطمع فى شىء. وأشار إلى أن الهيئة ستواجه أى محاولات للهيمنة على الأزهر من جانب التيارات الدينية وستحمى وسطية واعتدال الأزهر. وقال مصدر بالمشيخة إن الهيئة تحوى كل التيارات ففيها السلفى مثل الدكتور محمد المختار المهدى، وصاحب الميول الإخوانية مثل الدكتور يوسف القرضاوى والدكتور حسن الشافعى والشيخ محمد الراوى، وفيها الأزهريون، وبالتالى لا يوجد إقصاء فيها، وما زال الباب مفتوحاً لإكمال الهيئة فهى لا تضم سوى 26 عضوا فقط من بين 40 عضوا.