دخّل أيمن الظواهري زعيم تنظيم القاعدة وخليفة أسامة بن لادن في الخلاف بين جناحي التنظيم في العراقوسوريا وطلب منهما وقف الجدال. ووفقا لرسالة نسبت للظواهري نشرت علي بعض المواقع الالكترونية ألغى زعيم القاعدة الاندماج الذي أعلن عنه أبو بكر البغدادي وقال "تلغى دولة العراق والشام الإسلامية ويستمر العمل باسم دولة العراق الإسلامية،وتظل جبهة النصرة لأهل الشام فرع مستقل لجماعة قاعدة الجهاد يتبع القيادة العامة". وأضاف أن البغدادي وزعيم جبهة النصرة أبو محمد الجولاني سيستمران في قيادة الجناحين لمدة عام إلى أن تبت القيادة العامة في الأمر. تجدر الإشارة إلي أن تنظيم "القاعدة" في العراق قد أعلن من قبل في تسجيل على شبكة الإنترنت أن "جبهة النصرة" امتدادا له وجزء منه، وأعلن بعدها أبو محمد الجولاني المسؤول العام ل"جبهة النصرة" في سوريا مبايعة الجبهة لزعيم تنظيم "القاعدة" أيمن الظواهري، نافيا علمه بإعلان توحيد الجبهة مع "دولة العراق الإسلامية".