جمع طومان باي من الجند المماليك والأهالي وأراد الخروج لقتال العثمانيين ولكنه واجه تخاذل المماليك واستهانتهم بخطورة الموقف, وخلال تلك الفترة أرسل السلطان سليم رسالة إليه يعرض عليه تبعيته للسلطنة مقابل ابقائه حاكما لمصر, غير أنه رفض العرض. وخرج طومان باي إلى الريدانية وتحصن بها وحفر خندقا على طول الخطوط الأمامية. لكن عندما علم العثمانيين بخطة المماليك تحاشوا عنهم واتجهوا صوب القاهرة فتبعهم طومان باي والتحموا بمعركة هائلة قتل فيها سنان باشا الصدر الأعظم بيده ظنا بأنه السلطان لكن مع ذلك فكثرة العثمانيين وقوتهم لم يتمكن المماليك من وقف زحفهم وهرب العسكر الذين حول طومان باي فخاف أن يقبضوا عليه العثمانيين فهرب واختفى رغم ذلك إلا أن طومان باي لم يستسلم وراح ينظم الصفوف وصار هناك الكر والفر لكلا الطرفين حتى كاد أن يقتل السلطان نفسه بإحدى الغارات في بولاق, مع ذلك فالمعركة من حي إلى آخر حتى المعركة الأخيرة بمنطقة وردان (امبابة حاليا) حيث انكسرت شجاعة المقاومة أمام القوة الهائلة والعتاد الضخم, فهرب طومان باي ولجأ إلى الشيخ حسن بن مرعي الذي أخرجه من السجن كان قد دخله أيام عمه السلطان غوري ولكن الشيخ وشي به وأبلغ عنه السلطان سليم فقبض عليه, وقد أعجب السلطان بشجاعته وبحواره الصلب أمامه ومع ذلك فقد أمر بشنقه عند باب زويلة وقد ظلت جثته معلقة ثلاثة أيام ثم دفنت في قبة السلطان الغوري، وبموته انتهت دولة المماليك وسقطت الخلافة العباسية، واستتب الأمر للسلطان سليم بمصر والشام, وأصبحت مصر ولاية عثمانية.