بأت فريق نادي الزمالك يمثل عقدة لأندية المغرب، خلال السنوات الأخيرة لمواجهته بهم على المستوى القاري ببطولتي دوري الأبطال والكونفيدرالية. واجتاز الزمالك عقبة الأندية المغربية في أخر 4 واجهات جمعته بهم، بداية من نسخة 2002 وحصد لقب دوري أبطال إفريقيا في المباراة النهائية على حساب الرجاء البيضاوي، وتبعها تتويج بكأس السوبر 2003 على حساب الوداد البيضاوي. كما أطاح الزمالك بالمغرب الفاسي من دور ال16 لرابطة دوري الأبطال نسخة 2012، بالفوز عليه ذهاباً إياباً، فضلاً عن بلوغ دور ال 16 الإضافي للكونفيدرالية أمسية الأحد على حساب الفتح الرباطي المغربي.