قضت محكمة جنايات اسيوط الدائرة التاسعة والمختصة بنظر قضايا الإرهاب برئاسة المستشار عبد الهادي محمد خليفة وعضوية المستشارين محمد فهمي عبد الكريم وسليمان الشاهد وأمانة سر بخيت شحاته وزكريا حافظ في القضية 6176 لسنة 2013 جنايات ثان أسيوط والمقيدة برقم 4186 لسنة 2013 كلي جنوبأسيوط والمعروفة إعلامياً ب"محاولة اقتحام مبنى ديوان عام محافظة أسيوط"، بالسجن المشدد لمدة 3 سنوات ل 10 من المتهمين هم: "سيد محمد علي أحمد، وأحمد ثابت ثابت صالح، وعلي صلاح عبد النعيم علي، وجمال محمد عبد العزيز محمود، وأحمد عبد الكريم محمد رفاعي، وممدوح أحمد حامد أحمد، وأحمد خضير محمد أحمد، وهارون أحمد عبد الحميد أحمد شحاته، ومحمد جعفر عثمان محمد، وعبد الله محمود جمال الدين محمد محمود" باسجن 3 سنوات عما أسند إليهم مع وضعهم تحت مراقبة الشرطة لمدة سنتين والزمتهم بالمصاريف الجنائية. كما قضت المحكمة ببراءة 34 آخرين أبرزهم الدكتور محمود حسين الأمين العام للجماعة، والدكتور يحيى كشك محافظ أسيوط السابق، الدكتور محمد كمال عضو مكتب الإرشاد، والدكتور جلال عبد الصادق مسؤول المكتب الإداري، وحسين راغب المستشار الإعلامي للجماعة وعضو المكتب الإداري. ومن بين المتهمين ايضا وحيد محمد حسن عيسي ، ومحمد عمر أحمد حسن وشهرته محمد عمر أبو غدير، وجمال سيد فرغلي سيد المنصوري، وعبد الحكيم عبد الله محمد عبدالله، ومحمد خليفة أحمد خليفة، ويحيى علي محمد حمد الله، وبهاء ثابت سيد محمد، وعلي أحمد محمد محمد عسكر، وأحمد نعمان هاشم محمد، وعبد الفتاح ابراهيم أحمد جاد، وعبد العزيز موسى محمد موسى، ومحمد خلف يوسف شحاته، وممدوح محمد مرسي متولي أحمد، وسيد عبد المجيد بخيت سيد، ومحمد حسام محمود عبد الحفيظ، وعز الدين محمد سليمان عبد العال، ومحمد رجب احمد جاد الله، وسيد سعد محمد مرسي، وحمدي محمد طه علي شهاب، ومحمود حسين، وعز أحمد حسن مصباح، وأحمد خلف عبد اللاه السيد، ومصطفى محمد أحمد إمام، وعبد الناصر سيد احمد سيد وشهرته عبد الناصر حموده، وأحمد عبد الرحيم محمود محمد وشهرته أحمد هيما، ولإبراهيم سيد حسين، ومحمد سيد مصطفى، ومحمد عبد النعيم نصار، محمد خلف يونس متولي، وعبد الستار محمد عبد الحافظ، وأحمد مصطفى عبدالرحمن، ومحمد خيري عيسى متولي وشهرته حمادة خيري، وعلي راشد محمود، ومحمد علي حسن ناصر، وعماد الدين احمد نطر، وعلاء عبد الحفيظ حسانين، وحمادة إبراهيم محمد، وإسماعيل زيادة بدوي عما اسند اليهم وبمصادرة المضبوطات، حيث ضمت القضية 318 ورقة على مدار 7 جلسات وضمت القضية 53 متهم بينهم 16 حضوريًا. كانت النيابة العامة قد وجهت لهم أن المتهمون جميعاً انضموا علي خلاف أحكام القانون إلي عصابة الغرض منها الدعوة إلي تعطيل أحكام القوانين ومنه مؤسسات الدولة من ممارسة أعمالها وكان استعمال القوة والإرهاب ملحوظاً في ذلك بأن احتشدوا وآخرين بالطرق العامة بغية الضغط علي سلطات الدولة لتحقيق مكاسب سياسية ورغبة في الاشتباك مع قوات الشرطة المكلفة بحفظ الأمن لإشاعة الفوضى في ربوع البلاد تحقيقاً لأغراضهم المذكورة.