شهد المؤتمر الانتخابى للدكتور محمد مرسى بقنا، اشتباكات بين عدد من أعضاء ائتلاف الثورة بقنا ومنظمى المؤتمر. حيث تجمع عدد من أعضاء ائتلاف الثورة بقنا، أمام المؤتمر الانتخابى لمرسى والمنعقد باستاد قنا الرياضى ورددوا عددًا من الهتافات المناهضة لجماعة الإخوان المسلمين، والدكتور محمد مرسى ومنها: "لن يحكمنا آية الله محمد بديع"، و"يسقط حكم المرسى" والشعب المصرى قالها قوية الإخوان ملهمش أمان". فيما رد عليهم شباب الإخوان المسلمين بهتافات مؤيدة للدكتور محمد مرسى. مما دفع الجانبين إلى التراشق بالألفاظ والاشتباك بالأيدى، وتمكنت فى النهاية جهود الأمن مع عدد من القيادات الشعبية والإخوانية من السيطرة على الاشتباكات وفضها. وكان أعضاء ائتلاف الثورة بقنا قد أعلنوا مناهضتهم لمؤتمر الدكتور مرسى بقنا وناشدوا المواطنين بتجاهل المؤتمر وعدم الانخداع بشعارات الاخوان.