قرر المجلس القوم لحقوق الإنسان تنظيم أربع مجموعات للجان تقصى حقائق، تضم أعضاء من المجلس، ويعاون كل مجموعة باحثين بالأمانة العامة للمجلس، الأولى: لفض اعتصام رابعة العدوية، وما تَبعها من أحداث وتتكون اللجنة من الدكتور أحمد أبو الوفا، حافظ أبو سعدة، والأستاذة راجية عمران. أما المجموعة الثانية، فهى خاصة بأحداث مركز شرطة كرداسة، وما تبعها من أحداث، وتتكون اللجنة من أعضاء المجلس وهم: شاهندة مقلد، جورج إسحاق، مختار نوح، كمال عباس، محمد عبد القدوس. والمجموعة الثالثة خاصة بالاعتداءات على دور العبادة خلال أحداث الثورة، وتتكون من منال الطيبي، محمد عبد القدوس، ياسر عبد العزيز، والرابعة: حول حادث سيارة الترحيلات بسجن أبو زعبل وتتكون من حافظ أبو سعدة، راجية عمران، سمير مرقص، شاهندة مقلد، صلاح سلام.