تساءل موقع بي بي سي حول صراع إقليمي محتمل تدخله مصر والسودان على مياه النيل، في تقرير نشرته على موقعها الإلكتروني الناطق باللغة العربية. ونقل عن مسئولين في جنوب السودان أنهم يلتحقون بإطار الاتفاق الذي وقعته أثيوبيا، ورواندا وكينيا وأوغندا ورواندا وتنزانيا سنة 2010 وانضمت إليه بورندي في 2011. وقال بول مايوم أكش وزير المياه والري في جنوب السودان: إن بلاده لا تعترف باتفاقية 1959 وأضاف ل"بي بي سي" قائلًا: "كنا تحت سيطرة السودان عندما وقعت الاتفاقية، لذلك لم نكن نستطيع أن نقول شيئا، أما اليوم فنقول إنه لا علاقة لنا بهذه الاتفاقية". ويعد توقيع الدول الواقعة على ضفاف النيل على إطار اتفاقية التعاون تعبير عن عدم رضاها على اتفاق 1959 الذي أعطى للسودان ومصر أكبر حصة من مياه النيل لتقاسمها. وقال مايوم: "لقد التحقنا بمبادرة حوض النيل ونحن في طريقنا للالتحاق بإطار اتفاقية التعاون، الذي من خلاله يمكن لدول حوض النيل الالتقاء لمناقشة أفضل الطرق لاستغلال مصادر المياه". وصرح الوزير لمحطة إذاعية "رفضت مصر والسودان وجمهورية الكونغو الديموقراطية تعديل الاتفاق بدعوى أنه يتعارض مع اتفاق 1959". ووقَّع هشام قنديل رئيس الوزراء المصري على مذكرة تفاهم مع ريك ماشار نائب رئيس جنوب السودان حول التعليم، والصحة، والزراعة، والاستثمار دون الإشارة إلى ملف مياه النيل.