علي الرغم أن هناك قرار من وزير التعليم العالي بعدم إقامة دعاية انتخابية للمرشحين داخل الجامعات إلا أن هناك بعض المخالفات التي ظهرت في جامعة الزقازيق، منها إصدار العدد الأخير من مجلة الجامعة والذي حمل رقم 78 وبه صور لمؤتمر الدكتور محمد مرسي بالجامعة. كما قامت بعض الكليات بعدد من الرحلات في وقت قصير قبل بدء الانتخابات منها كلية الهندسة التي صرفت ''177.810'' جنيه وذلك للصرف علي رحلة الكلية لعدد 1190طالب وطالبة علي 3 أفواج، وتم في بعض الرحلات توزيع ''تي شيرت'' باسم مشروع النهضة علي الطلاب. وعلي جانب آخر، قام العاملون بالإدارة الهندسية بمستشفيات الجامعة بحصار مكتب الدكتور عاطف رضوان عميد كلية الطب البشري والقيادي بجماعة الإخوان، للمطالبة بفتح التحقيق في تخصيص السيارة رقم ''8274 ر م ب'' يومياً للقاهرة ب 2 سائقين لخدمة حملة الدكتور محمد مرسي مرشح حزب الحرية والعدالة وتستهلك شهرياً 700 لتر وقود و 5 غيارات زيت في الشهر. من ناحيته نفي الدكتور عاطف رضوان عميد كلية الطب البشري بجامعة الزقازيق ما تردد عن منح مستشفيات الجامعة سيارات لدعم حملة الدكتور مرسي، وأن جامعة الزقازيق لم تقدم من قريب أو بعيد أي دعم للدكتور مرسي. وقال رضوان أن رحلات الجامعة كانت في شهر أبريل وقبل إعلان الترشيح. وأضاف الدكتور سالم الديب مدير عام مستشفيات الجامعة أن هذه السيارة ''ميكروباص'' وتخرج بأمر شخصي منه مباشرة وتخرج في مهام رسمية فقط.