أثار البيان الختامي لمؤتمر "فتح" ردود فعل إسرائيلية متباينة نقلتها الصحف. فلقد شن اليمين الإسرائيلي هجوماً عنيفاً على المؤتمر نقلته صحيفة"معاريف". فنقلت عن الوزير إيلي يشاي من حزب "شاس" قوله ان الزعامة الفلسطينية حاولت إرضاء المتطرفين ودعم نشاط الإرهابيين، واستبعد احتمال إجراء حوار معها في مثل هذا الوضع. أما الوزير إسرائيل كاتس من تكتل ليكود فهاجم بصورة خاصة اتهام المؤتمرين إسرائيل باغتيال عرفات، وطالب الحكومة الإسرائيلية بعدم الاعتراف بالفلسطينيين شركاء في المفاوضات ما داموا لم يتراجعوا عن موقفهم الأخير ولم يعترفوا بإسرائيل دولة يهودية وتخلوا تخلياً مطلقاً عن حق العودة. في المقابل، عكست صحيفة"هآرتس" موقفاً مغايراً من بيان المؤتمر فاعتبرته دليلاً على وجود شريك فلسطيني في المفاوضات مع إسرائيل، ومما جاء في المقال:"حظي البرنامج الجديد لحركة فتح وخطاب محمود عباس بتأييد جارف من جانب أكثر من 2200 مندوب جاء قسم كبير منهم من الشتات الفلسطيني. ووجه هؤلاء جميعاً رسالة سياسية لا تقبل التأويل الى إسرائيل مفادها: حل الدولتين لشعبين ما زال الخيار الاستراتيجي للحركة الوطنية الفلسطينية. وعلى الرغم من أن هذا المؤتمر الذي يعقد بعد 20 عاماً من انعقاد المؤتمر السابق يجري في ظل الاحتلال الإسرائيلي وبعد وصول عملية السلام الى طريق مسدود التزمت حركة فتح الخيار السياسي ومبادئ مبادرة السلام العربية، وبذلك ميزت نفسها عن حركة حماس وتضامنت مع الإجماع العربي والدولي المتعلق بالتسوية السياسية على أساس دولة فلسطينية في حدود 4 حزيران 1967 عاصمتها القدس، وايجاد حل عادل ومتفق عليه مع إسرائيل لمشكلة اللاجئين الفلسطينيين. رفض المؤتمر طلب إسرائيل الاعتراف بها دولة للشعب اليهودي، كما رفض اقتراح قيام دولة فلسطينية ذات حدود موقتة، ودعا الى توثيق العلاقات مع معسكر السلام في إسرائيل. غير أن هذه الدعوة شوهها التلميح البشع بأن إسرائيل هي التي اغتالت ياسر عرفات. من ناحية أخرى، جرى التشديد في برنامج فتح وخطاب الرئيس عباس على أنه في حال عدم احراز تقدم حقيقي نحو حل الدولتين، فإن الكفاح سيتركز على مطلب الدولة الثنائية القومية بين البحر والنهر، أو اعلان قيام دولة فلسطينية ضمن حدود 1967 من جانب واحد. وجرى تأكيد احتفاظ فتح بحقها في الكفاح من اجل حرية الشعب الفلسطيني بطرق شرعية تشمل مواجهة المستوطنين وإعلان العصيان المدني السلمي. لذا يجدر بالجمهور العريض وأصحاب القرار في إسرائيل أن يدرسا بمنتهى الجدية والمسؤولية قرارات مؤتمر بيت لحم، فالمواقف السياسية لحركة فتح تدحض الادعاء السائد لدى معسكر اليمين الإسرائيلي بعدم وجود شريك فلسطيني للسلام (...) أن مصير الحركة الوطنية الفلسطينية سيكون مرهوناً الى حد بعيد بسياسة الحكومة الإسرائيلية إزاء شروط معاودة العملية السياسية، وفي مقدمها تجميد الإستيطان في المناطق المحتلة".