أعلن حزب الحرية والعدالة أن التأكيد على العلاقة الإيجابية بين الشعب والجيش، يمثل ضمانة مهمة لعبور المرحلة الإنتقالية، كما كانت ضمانة مهمة لنجاح الثورة المصرية العظيمة، ما يتطلب من الجميع الحفاظ على هذه العلاقة وإحترام القوات المسلحة، والحفاظ على دورها ومكانتها. وطالب البيان الصادر عن الحرية والعدالة الثلاثاء بأن يظل النقد أو الإختلاف في الرأي في مساحة الحوار المحقق للمصلحة العامة دون التحول إلى مهاجمة الجيش وقياداته أو محاولة إثارة عامة الناس عليه. ويؤكد الحزب أن القوات المسلحة والمجلس الأعلى تمثل جهازا إداريا عسكريا وليست حزبا سياسيا ولا مؤسسة سياسية، لذا فهي تدير شئون البلاد، طبقًا لتقاليدها المؤسسية التي ُوضعت من أجل أداء وظائف أخرى، ما يتطلب منا تفهم موقف المجلس الأعلى للقوات المسلحة الرافض لممارسة أي سلطة سياسية، والذي يصر أنه يدير شئون البلاد، حتى تتسلم السلطة قيادات منتخبة مدنية. وطالب المجلس العسكري بأن يحاكم المدنيين أمام القاضي الطبيعي، وعدم تحويل أحد من النشطاء إلى القاضي العسكري طبقًا لحالة الطوارئ، إلا في القضايا التي تخص القضاء العسكري حتى في الظروف العادية أو القضايا الخاصة بترويع الآمنين، والتي وضعت قوانين الطوارئ من أجل مواجهتها في الظروف الخاصة التي تمر بها البلاد. وفى سياق اخر، أشار حزب الحرية والعدالة إلى أن محاكمة رموز النظام السابق وعلى رأسهم الرئيس المخلوع حسني مبارك تقلل من حالة الشك وعدم الثقة التي إنتابت الشارع المصري في فترة سابقة. وأضاف أن الشارع المصري يحتاج لرؤى واضحة تجعله يعرف مسار المرحلة الإنتقالية وما يحدث فيها، حتى يكون لديه الثقة الكافية، لتجعله يعود لمسار الحياة الطبيعية، ويبدأ في العمل الجاد. لذا يهيب حزب الحرية والعدالة بكل الأجهزة صاحبة القرار في مسألة محاكمة رموز النظام السابق أو غيرها من المسائل، أن تضع في إعتبارها أهمية أن يدرك الرأي العام ما يحدث، بحيث تكون لديه صورة واضحة، لا تسمح لأحد بنشر الشائعات أو الصور المغلوطة، وتغلق الباب أمام من يريد نشر حالة من التوتر أو الفوضى، فمصر تمر بحالة خاصة تحتاج لتعامل جيد مع الرأي العام ومشاعره، دون أي إخلال بقواعد القانون والعدالة. وعن مظاهرات بعض الطرق الصوفية، أشار البيان إلى أن البعض يحاول التفرقة بين الحركات الإسلامية، ونقل الخصومة السياسية الموجودة بين التيارات السياسية إلى داخل التيارات الإسلامية، والواقع يؤكد أن التيارات الإسلامية بينها وبين بعضها بعض المشكلات التاريخية، ولكن تلك الخلافات لا علاقة لها بالخلافات الحادثة بين التيارات السياسية عموما، خاصة الخلافات بين التيار السياسي الإسلامي والتيار السياسي العلماني. وتعليقا على المواد الحاكمة للدستور، جدد الحزب موقفه الرافض لأي وصاية على الشعب المصري، مؤكدًا أن أي إلتفاف على الإرادة الشعبية الحرة يعد إنتقاصاً من الحرية الحقيقة، وخروجًا عن مقتضى آليات العمل الديمقراطي الصحيحة، لذا يؤكد الحزب أنه يرفض رفضًا تامًّا تقييد إرادة الشعب، أو فرض قواعد على مجلس الشعب المنتخب، أو اللجنة التأسيسية التي سوف يختارها مجلس الشعب.