فى تقرير الجهاز المركزى للمحاسبات برقم 380 فى 27 /10/2011 عن ميزانية اتحاد النقابات للمهن الطبية، أوضح التقرير تسويف الاتحاد لبنود الميزانية والبالغ مجموعها 1.347 مليار جنية وخلوها من الافصاح عن بعض السياسيات المالية التى يتبعها الاتحاد وتتعدد تلك السلبيات فى دعم مشروع علاج الاطباء وتقدير الاصوال الثابتة وعدم الالتزام بتوصيات الجهاز المركزى للمحاسبات فى تسجيل الاراضى مثل ارض الاتحاد بالماظة او الشهادات السلبية لجميع الاراضى والمبانى فى التعامل عليها او تجديد عقود الايجار. وأشار تقرير الجهاز المركزى الى تقاعس النقابات الطبية فى سداد ما عليها لاتحاد مما اثر على حسابات جارى الاتحاد وكذلك عدم استثمار اموال الاتحاد بالصورة الجيدة وذلك باختلاف اسعار الفائدة على الودائع. وبذلك يكون الاتحاد قد استمر فى المخالفات لنصوص الفقرة 7 من المادة 2 من القانون رقم 13 لسنة 1983 والمادة 18 من قانون الجهاز رقم144 لسنة 1988 وبذلك يكون اتحاد نقابات المهن الطبية يقوم بتسويف التوصيات على الميزانيات مخالفأ توصيات الجهاز المركزى للمحاسبات.