وصف فضيلة الإمام الأكبر الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر الشريف الطيب موقف الأزهر يوم 29 يناير وإصداره بيان يدعم مطالب الثوار بأنه دور وطني وليس دورا سياسيا ويعبر عن الأزهر كله بتفكير ومبادرة من شيخ الأزهر دعمها جميع العلماء وأن الأزهر لم يكن يعتقد وقتها أن النظام سيرحل فجأة كما حدث، وأن الأزهر كان سيتحمل العواقب في حال استمر النظام، وأن الأزهر كان أول من استخدم لفظ شهداء على القتلى في أحداث يناير. وبرر الطيب -في لقائه بالإعلامي عماد الدين أديب في برنامج بهدوء على قناة سي بي سي- عدم نزول قيادات الأزهر لميدان التحرير وقت الثورة بأن الأزهر أكبر من الحكام والثورات وأن الأزهر مارس تصرفا وسطيا إبان الثورة وشمل كل الأطياف السياسية تحت مظلته. واعترف الطيب أن الأزهر لم يعارض النظام السابق ولكنه في الوقت نفسه لم يداهنه ولم يتملقه فهو كان مضطرا لعدم معاداته لعوامل تتعلق بكونه مؤسسة من مؤسسات الدولة ويحصل على الدعم اللازم لاستمرار البعثات التعليمية وأنشطة الأزهر المختلفة. وفرق الطيب بين أن يكون الأزهر سياسيا أو أن يكون وطنيا فالأولى مستبعدة –بحسب كلامه- لأن الأزهر يقف على مسافة واحدة من جميع الأطياف السياسية فلا هو حزب ولا جماعة ولا يدعم مرشح بعينه وإلا تخندق وانتهى. وقال إن بعض علماء الأزهر تعرضوا للاستقطاب نحو الفكر المتشدد في بعض الدول العربية، فجاءوا بأفكار دخيلة على وسطية الأزهر، وتم استبعاد التراث الإسلامي الوسطي بأخر يعتمد على مذكرات الأساتذة التي تختلف من شخص لأخر ولا يحوي نفس تعددية التراث الإسلامي. وتابع أن الأزهر مظلوم من أهله وخاصة في مصر، فهو قلب الأمة إذا اعتل اعتلت الأمة العربية والإسلامية كلها، وحدد أحد تلك العلل والنواقص التي أصابت الأزهر هي استغلاله من قبل الحاكم في تبرير بعض الأفكار السياسية وصعود الفكر الاشتراكي في مصر في فترة من الفترات، وكذلك الفكر الشيوعي الذي له سياسة ضد الدين ويطارده. وأضاف أن البلاد التي تؤمن بمذهب واحد تدرسه لطلابها هذا المذهب باعتباره المذهب الصحيح ورصدت له أموالا ودعما سياسيا ويراد الآن ترويج هذا المذهب باعتباره المذهب الصحيح، ولا مانع من الترويج لهذا المذهب دون أن يفرض فرضا مع استبعاد باقي المذاهب.