يعتمد تنظيم داعش على هيكل تنظيمي، يتم من خلاله توزيع المهام على قادة التنظيم في المناطق التي يسيطر عليها في العراقوسوريا. ووفقا للهيكل التنظيمي هناك نائبان الأول مسئول عن العراق والثاني مسئول عن سوريا. ويأتي على رأس الهيكل التنظيمي زعيم التنظيم أبوبكر البغدادي واسمه الحقيقي إبراهيم عواد البدري. وللبغدادي نائبان الأول العميد المتقاعد فاضل الحيالي، مسئولا عن العراق، وعلي أسود مسئولا عن سوريا. وهناك مجلس شورى التنظيم يتبع للبغدادي، وترأسه شخصية كنيتها حجي إيمان. أما في بقية المهام الإدارية داخل "داعش"، فهناك شخصيات عدة تتواصل مع البغدادي مباشرة وهي: - طه عبد الرحيم.. ويتولى هيئة تطوير التنظيم - أبو الحارث.. ويرأس المجلس العسكري، وهو المسئول العام عن القادة العسكريين. . - أبو عبد القادر، شوكت الفرحات.. المسئول الإداري العام عن التنظيم . - الدكتور وائل عادل حسين.. مسئول الإعلام الأول في التنظيم - أبو علي الأنباري، عبد الواحد خضير.. المسئول الأمني والاستخباراتي في التنظيم. . - معاد نوري علي.. مسئول العلاقات في التنظيم . - أمير محمد سعيد.. مفتي عام التنظيم . - أبو سجى، عوف العفري.. مسئول ملف معتقلي التنظيم . - أبو كفاح، خيري الطياوي.. مسئول الانتحاريين . - غانم الجبوري.. مسئول ملف قتلى التنظيم . - أبو صلاح، موفق الكرموش.. مسئول المالية في التنظيم وهي قيادات تم تعيينها في الغالب من قبل البغدادي مباشرة وهو من يملك عزلها.