تسببت تصريحات مؤسسة الرئاسة بأن الرئيس كلف هيئة قضايا الدولة بالطعن على حكم إلغاء قرار رئيس الجمهورية بتعيين المستشار طلعت ابراهيم نائبا عاما، وإعادة المستشار عبد المجيد محمود إلى منصبه، في حالة من الغضب والاستياء بين أعضاء هيئة قضايا الدولة الذين أكدوا أنهم خط أحمر، ولا أحد يمتلك السلطة عليهم. وهدد المستشار محي عبد العظيم نائب رئيس هيئة قضايا الدولة، بأن جميع أعضاء الهيئة سيتقدمون باستقالاتهم، في حالة تدخل الرئاسة أو أي سلطة في شئون أعمالهم مما يهدد من استقلالية الهيئة. وأضاف أن قضايا الدولة هيئة مستقلة وفقا للمادة 179 من الدستور المصري، مشيرا إلى أنه داخل الهيئة نفسها يوجد استقلال في اختصاصاتها ولا أحد يتدخل في اختصاص غيره . وأكد المستشار أحمد مسعود المتحدث الإعلامي لنادي هيئة قضايا الدولة، أن الهيئة هي الجهة المنوط بها اتخاذ القرار المناسب بشأن الطعن على الحكم من عدمه، وذلك وفقا لأحكام الدستور والقانون. وأوضح أن الحكم وحيثياته مازال قيد الدراسة والفحص بمعرفة لجنة مشكلة من المكتب الفني للهيئة، مشيرا إلى أن اللجنة لم تنته حتي الآن من دراسة الحيثيات لاتخاذ قرار بالطعن على الحكم من عدمه . واستنكر "مسعود" ما تداولته وسائل الإعلام عن تدخل الرئاسة للطعن علي الحكم من خلال هيئة قضايا الدولة، ووصفها بأنها تصريحات "كاذبة" وافتراءات للحض من شأن استقلالية هيئة قضايا الدولة. وأضاف أن الهيئة ليست تابعة لأي سلطة تنفيذية أو تشريعية ولا تحابي لفصيل سياسي دون آخر، ولا تخضع لسلطة الرئيس مرسي، وأنها لن تسمح لأحد بالتدخل في استقلالها. وأضاف رئيس نادي هيئة نادي قضايا الدولة أن الحكم الذي أصدرته محكمة الاستئناف له مخرج سياسي أكثر من المخرج القضائي، قائلا: "ان يقدم المستشار طلعت عبدالله استقالته في حين يرفض المستشار عبد المجيد محمود الرجوع لمنصبه، ويقوم مجلس القضاء الاعلي بترشيح 3 مستشارين جدد لمنصب النائب العام" . وناشد مسعود أطراف الحكم طلعت وعبد المجيد بالتخلي عن المصالح الشخصية من أجل مصلحة البلاد والشعب، مشيرا إلى أن الهيئة لن تتقدم بطعن إلا في حالة التأكد أنه لمصلحة البلاد. وعلي الجانب الآخر، أكد مصدر بمحكمة النقض أن المحكمة لم تتلقَ حتي الآن أي طعون علي الحكم سواء من النائب العام نفسه بصفته صاحب مصلحة، أو من هيئة قضايا الدولة، كما تبين أن أغلب أعضاء محكمة النقض سافروا خارج البلاد . وقال المستشار عادل الشربجي رئيس دائرة بمحكمة النقض إن الحكم يمكن الطعن عليه بعد 60 يوما من تاريخ صدور أسباب الحكم، وأن محكمة النقض لها حق الفصل في الطعن بالقبول أو الرفض دون إعادته مرة أخري لمحكمة الاستئناف لأن الحكم صادر من دائرة طلبات رجال القضاء, مشيرا إلى أن الحكم واجب النفاذ قبل صدور الحكم من محكمة الطعن.