قال طارق الزمر القيادي البارز الجماعة الإسلامية "إن اختيار الرئيس محمد مرسي الفريق أول عبد الفتاح السيسي لتولي منصب وزير الدفاع والإنتاج الحربي والقائد العام للقوات المسلحة ضمن عدم انقلاب الجيش عليه" ، مؤكدا أن مرسي استغل الخلافات الداخلية للإطاحة بالمشير محمد حسين طنطاوي وزير الدفاع السابق والفريق سامي عنان رئيس الأركان السابق، بحسب ما نقلته صحيفة "المصري اليوم". وكان مرسي أصدر في شهر أغسطس الماضي قرارات لتغيير قيادات بالجيش تضمنت أن يُحال إلى التقاعد كل من وزير الدفاع والإنتاج الحربي والقائد العام للقوات المسلحة المشير حسين طنطاوي ورئيس هيئة أركان حرب القوات المسلحة الفريق سامي عنان وقادة أسلحة الجو الفريق رضا حافظ والبحرية الفريق مهاب مميش والدفاع الجوي الفريق عبد العزيز سيف الدين. وقرر مرسي تعيين مدير جهاز المخابرات العسكرية اللواء عبد الفتاح السيسي وزيراً للدفاع وقائد عاماً للقوات المسلحة بعد ترقيته إلى رتبة الفريق أول، وتعيين قائد الجيش الثالث الميداني اللواء صدقي صبحي رئيساً لأركان حرب القوات المسلحة بع ترقيته إلى رتبة الفريق.