انتهت لجنة نظام الحكم بالجمعية التأسيسية لوضع الدستور، من مناقشة صلاحيات رئيس الجمهورية، حيث انتهت إلى أنه القائد الأعلى للقوات المسلحة، ويرأس مجلس الأمن القومي ويعلن الحرب بموافقة مجلس الشعب.وكشف المهندس صلاح عبد المعبود عضو اللجنة عن حزب النور أن أعضاء اللجنة اتفقوا على ضرورة أن يكون رئيس الجمهورية هو القائد الأعلى للقوات المسلحة ويرأس مجلس الأمن القومي، ويقوم بتحديد التوجهات العامة للسياسة الخارجية، كما أن من صلاحياته إعلان الحرب بعد موافقة مجلس الشعب ويحظر عليه إرسال قوات مسلحة لخارج البلاد إلا بعد موافقة الشعب، واستحدثت مادة رئيس الجمهورية سلطة تعيين وزيري الدفاع والخارجية.وقال عبد المعبود: إن اللجنة اتجهت إلى عدم جواز حل مجلس الشعب إلا باستفتاء شعبي ورئيس الجمهورية وحده هو الذي يستطيع عرض حل المجلس للاستفتاء وفي حال رفض الشعب لحل المجلس يستقيل الرئيس وجوبا تأكيدًا على مبدأ الفصل بين السلطات بما لا يؤدي إلى الصراع بين السلطة التشريعية والتنفيذية التي يترأسها رئيس الجمهورية.واستحدثت اللجنة مادة تمنع أيًا من السلطات من حل مجلس الشيوخ (مجلس الشورى) منعًا لوجود حالة من الفراغ التشريعية وهو ما يعتبر تحصينًا له في حال حل مجلس الشعب.ويحق لرئيس الجمهورية إعلان حالة الطوارئ بعد موافقة مجلس الوزراء ثم عرضه على مجلس الشعب خلال 7 أيام ليقرر ما يراه بشأنه، وإذا كان مجلس الشعب منحلًا يعرض على مجلس الشيوخ، ولا تتجاوز مدة حالة الطوارئ ستة أشهر، ولا يجوز مدها لمدة أخرى إلا بعد استفتاء الشعب عليها.واستحدثت لجنة الأجهزة الرقابية المفوضية العليا للانتخابات، وفي حالة خلو منصب رئيس الجمهورية بالاستقالة أو العجز الدائم يعلن مجلس الشعب خلو المنصب ويخطر المفوضية العليا بخلو المنصب على النحو الذي ينظمه القانون والدستور، ويباشر نائب رئيس الجمهورية مؤقتا مهام الرئيس، أو رئيس مجلس الشعب ثم رئيس مجلس الشيوخ.واشترطت اللجنة يقوم القائم بأعمال الرئيس بالترشح للرئاسة أو طلب تعديل الدستور أو حل البرلمان، ويجري انتخابات رئاسية جديدة في مدة لا تتجاوز التسعين يومًا.وفي حالة استقالة رئيس الجمهورية فإنه يتوجه باستقالته كتابة لمجلس الشعب على أن يخطر رئيس مجلس الشعب المفوضية العليا بخلو المنصب.
