دفع منتصر الزيات عضو فريق الدفاع خلال مرافعته عن متهمى القضية المعروفة إعلاميًا ب"خلية الظواهرى" بعدم اختصاص المحكمة التى تنظر الدعوى، نظرًا لعدم اختصاصها مكانيًا. كما دفع الزيات ببطلان إجراءات المحاكمة نظرًا لما سماه بعدم علانية الجلسات، وكذا بطلان إجراء التحريات لعدم جديتها. وكشفت تحقيقات النيابة العامة عن أن المتهمين من "العناصر الإرهابية" شديدة الخطورة، وقاموا بإنشاء وإدارة تنظيم إرهابي يهدف إلى تكفير سلطات الدولة ومواجهتها باستخدام السلاح، لتغيير نظام الحكم بالقوة.