بدأ المكتب الفني للنائب العام برئاسة المستشار عادل السعيد التحقيق في اتهامات وجهت إلي الدكتور محمد مرسي العياط رئيس الجمهورية المعزول باستغلال نفوذه الوظيفي لمجاملة بعض من أيدوه في الانتخابات الرئاسية عام .2012 كان من أبرزهم شحتة فوزي مختار أبوتريكة ابن عم لاعب الأهلي محمد أبوتريكة المتهم بالاستيلاء علي 7 ملايين جنيه من أموال وزارة الداخلية في عمليات تسفير لأداء مناسك الحج وتزويره لمستندات رسمية. كما تبين أن اللاعب محمد أبوتريكة اصطحب اللاعب هادي خشبة وتوجها إلي منزل مرسي لإعلان تأييدهما له مقابل وعد بالإفراج عن ابن عمه في حالة فوزه بالانتخابات الرئاسية!! كما قام الرئيس محمد مرسي بالإفراج عن 26 متهماً في قضايا قتل ضباط شرطة ومدير مدرسة في محافظة السويس وعدد من الإرهابيين الذين شاركوا في محاولات لاغتيال الرئيس الأسبق محمد حسني مبارك وعلي رأسهم مصطفي حمزة. وكذلك المتهمون في أحداث تفجيرات الأزهر والعائدون من ألبانيا وأحداث امبابة وأحداث مسجد الإيمان بالسويس. مما تسبب في فوضي وتكدير السلم العام. كما قام رئيس الجمهورية بمجاملة الداعية وجدي غنيم أحد أقطاب جماعة الإخوان بالرغم من علمه بأنه تم إبعاده من البحرين عام 2008 لأسباب أمنية وإخراجه من انجلترا ومنعه من الدخول إليها بتهمة التحريض علي الإرهاب. كما قام بمجاملة ابراهيم منير أحمد مصطفي عضو بمكتب الإرشاد بجماعة الإخوان والأمين العام للتنظيم الدولي للجماعة والمتحدث باسمها في أوروبا والمشرف علي موقع رسالة للإخوان. ويعيش في لندن ومحكوم عليه بالأشغال الشاقة لمدة 10 سنوات في قضية إحياء تنظيم الإخوان عام 1965. وقد عفا عنه بموجب القرار الجمهوري رقم 75 لسنة .2012 كما أصدر "مرسي" عفواً عن يوسف ندا المفوض السابق للعلاقات الدولية في جماعة الإخوان الذي سبق اتهامه في محاولة اغتيال الرئيس الأسبق جمال عبدالناصر في ميدان المنشية بالإسكندرية. واتهامه بدعم الإرهاب في عام 2001. وحكم عليه غيابياً بعشر سنوات بالمحاكم المصرية لكنه هرب إلي لندن واستقر بها. أصدر "مرسي" أيضا عفواً عن القياديين ابراهيم الزيات أحد قيادات التنظيم العالمي. والسعودي الجنسية عوض القرني المحكوم عليه في قضية غسيل الأموال وتمويل الجماعة. بالإضافة إلي بقية المتهمين في تلك القضية التي بلغ مقدار غسيل الأموال فيها 4 ملايين جنيه استرليني ومليون و800 ألف يورو التي حصلوا عليها من تمويلات خارجية لمنع مؤسسات الدولة من ممارسة أعمالها. كما أصدر الرئيس المعزول محمد مرسي قراراً بالعفو رقم 122 لسنة 2012 بشأن العفو عن العقوبة بالنسبة لبعض المحكوم عليهم الذين يزيد عددهم علي المئات.. منهم فتحي أحمد عبدالخالق في القضية رقم 4980 لسنة 2012 الشهير باسم الدكتور أحمد معتز المتهم بنشر أخبار كاذبة عن أحداث شارع محمد محمود بخصوص أعداد الشهداء وبعض الأسلحة التي زعم أنها استخدمت ضد المتظاهرين ونشر مقطع فيديو علي الانترنت عرض خلالها جثثاً لعدد من المتوفين قال إنهم ضحايا أحداث شارع محمد محمود.