شهد عام 2015 مناقشة عدد من الملفات الشائكة التي ما زالت تواجه وزارة الصحة وأهم هذه الملفات، علاج فيروس سى بالعقاقير الجديدة سواء المستوردة أو المحلية الصنع، خاصة بعد مبادرة الرئيس عبد الفتاح السيسى بعلاج مليون مريض بفيروس سى، وتخفيض سعر العلاج للمرضى وتوفيره في مراكز علاج الكبد ال43 في الجمهورية ومواقع العلاج بالتأمين الصحي وعددها 82 موقعًا، حيث أجمع 20 متخصصًا في هذا المجال على أن الدواء المصري له نفس فاعلية المستورد، وأن نسبة الشفاء في السوفالدى المصرى 98% ونسبة الانتكاسة 2% فقط وهذه لا تعتبر انتكاسة. وأعلنت الوزارة اعتبارًا من يناير المقبل سيتم قصر علاج مرضى فيروس سى على دواء السوفالدى المصنع داخل مصر، الأمر الذى يخفض تكلفة علاج المرض من 6000 جنيه إلى 1000 جنيه فقط، مع السماح باستيراد دواء كيوريفو لعلاج مرضى الفشل الكلوى فقط.
كما واجهت وزارة الصحة، قانون التأمين الصحى الاجتماعى الشامل، والذى يتم إعداده ومناقشته وطرحه للحوار المجتمعى منذ سنوات، ولم يخرج للنور حتى الآن حيث من المقرر أن يدفع كل مواطن 4% من دخله، ويدفع الموظف 1% وجهة العمل 3% الباقية، والدولة مسئولة عن تحمل أعباء هذا النظام لغير القادرين بناء على بحوث اجتماعية تستخرج من وزارة التضامن الاجتماعي، وهناك 42% من المصريين غير قادرين رغم أن متوسط صرفهم على العلاج سنويًا ألف جنيه، والنظام الجديد سوف يكون للأسرة كاملة بموجب كارت يشمل عددها، وسوف يتم تطبيق القانون تدريجيًا على أساس جغرافي ويحدد المحافظات التى يبدأ بها عدد من وزراء الصحة والمالية.
فيروس أسيوط كما واجهت الوزارة تحديًا كبيرًا حول الفيروس الغامض بمحافظة أسيوط، واعترف وزير الصحة بأن هناك زيادة فى بعض الإصابات بالحمى فى بعض قرى مركز أسيوط، وهى عبارة عن حمى بارتفاع فى درجة الحرارة وآلام متفرقة فى الجسم وفى فم المعدة، وكانت الوزارة شكلت فريقًا من القطاع الوقائى يضم "الشئون الوقائية، شئون البيئة، المعامل المركزية"، وسافر الوفد إلى تلك القرى؛ وذلك لتحديد حجم المشكلة ومصادرها وعوامل الخطورة واتخاذ الإجراءات الوقائية اللازمة، وبعدها أثبتت نتائج التحاليل سلامة مياه الشرب فى القرى الثلاث حيث أثبتت مطابقتها للمواصفات وسلامتها 100%.
كما واجهت الوزارة حملة شائعات كثيرة قبل بداية حملة التطعيم ضد الحصبة حيث تم التشكيك فى جودة الطعوم وعدم صلاحيتها، ما دعا وزير الصحة لعقد مؤتمر صحفى لنفى تلك الشائعات، وأقرت اللجنة ضرورة تطعيم الأطفال خلال الحملة المحددة. وفاة "داليا محرز" كما جاءت أزمة وفاة الطبيبة الشابة داليا محرز "28 سنة" بسبب عدوى الالتهاب السحائي بمحافظة الإسماعيلية بسبب عملها، وتجاهل وزارة الصحة لعلاجها ما اضطر أسرتها لعلاجها في مستشفى خاص، ووفاتها بعد ذلك، لتثير الغضب فى مواجهة وزارة الصحة مرة أخرى، حيث يتقاضى الطبيب 19 جنيهًا كبدل عدوى، ونظمت النقابة العامة للأطباء ونقاباتها الفرعية وقفات احتجاجية لتأبين شهيدة المهنة الدكتورة داليا محرز، ونددت بغياب سياسات مكافحة العدوى الصحيحة وتنصل الدولة ووزارة الصحة من تحمل مسئولياتهم تجاه الأطباء الذين يصابون بالعدوى جراء عملهم وتوفير بدل علاج محترم للأطباء، يكفل لهم على الأقل تحمل تكاليف علاجهم عند الحاجة. الألبان المدعمة أما أزمة الألبان المدعمة فلم تنته بعد، حيث دخلت الوزارة في تحدٍ جديد لتوفير الألبان، في حين تواجه الشركة المصرية لتجارة الأدوية تحديات أكبر تتمثل في ضعف المنافسة، والمؤامرة التى تحيكها شركات دواء أخرى ضدها، وذلك بعد ظهور مستندات تبرئ الشركة المصرية لتجارة الأدوية، من الاتهامات والحملة الشرسة الموجهة إليها لتشويه سمعتها، ومهاجمة مناقصات الألبان والادعاء بسوء تخزينها بالشركة، وهو ما دعا وزير الصحة السابق عادل العدوى للصدام مع الشركة وإسناد مناقصة الألبان المدعمة لشركة خاصة، حيث تم تأكيد أن الألبان المدعمة تكفى 6 أشهر مقبلة، وتم تخصيص مبلغ بقدر 226.5 مليون جنيه.
كما نفت الوزارة عدم امتلاكها لإحصائيات حول بكتيريا "ميرس"، وشددت على أنها اتخذت كل الإجراءات تجاه توفير عقار الفانكوميسين الفعال ضد هذه البكتيريا بكميات مناسبة، وأن هذه البكتيريا موجودة فى مختلف دول العالم والعدوى بهذا الميكروب تكون فى الغالب بين المرضى ضعيفى المناعة خاصة مرضى العناية المركزة، وأنها تنتقل عن طريق الرذاذ والتلامس، كل ذلك بخلاف نقص الأدوية فى الأسواق، والذى تنفيه الوزارة بين الحين والآخر على اعتبار وجود مثائل وبدائل للأدوية. أزمة الحجاج المصريين كما تأتى أزمة الحجاج المصريين فى المملكة العربية السعودية من الأزمات التى شهدها عام 2015 بداية أدى تدافع يوم 24 سبتمبر عام 2015، من قبل الحجاج إلى مقتل 769 شخصًا على الأقل وإصابة 694 آخرين حسب الرواية الرسمية السعودية.
بينما وصل عدد القتلى إلى أكثر من 2121، وهو أعنف حادث يحدث في الحج منذ التدافع الأخير عام 1990 الذي أدى إلى مقتل 1426 شخصًا، كانت الحادثة سبقها بأسبوعين سقوط رافعة في الحرم المكي أودت بحياة 111 شخصًا، واستقبلت مستشفيات معهد ناصر، ودار السلام العام، والشيخ زايد آل نهيان، أهالي المفقودين بالسعودية، في حادث مشعر منى، لسحب عينات الحامض النووي DNA منهم، للتعرف على ذويهم.
وقد أثارت الحادثة توترات طائفية بين غريمي المنطقة السعودية السنية وإيران الشيعية، والتي أثيرت بالفعل بسبب الاضطرابات التي تشهدها منطقة الشرق الأوسط، مثل الحرب الأهلية السورية والحرب الأهلية اليمنية.