اعتبر شباب جماعة الإخوان المسلمين تولى الدكتور أحمد الطيب مشيخة الأزهر، تغييرا للأسوأ، واستمرارا لتنفيذ سياسات النظام التى كان ينفذها الطيب خلال رئاسته لجامعة الأزهر، واسترجع الطلاب ذكرياتهم، التى وصفوها ب«السيئة»، مع رئيس جامعة الأزهر السابق. يقول محمد عبدالكريم، صاحب مدونة «رحلتى إلى ذاتى»: «كنا نتوقع بعد وفاة الشيخ طنطاوى أن يحدث تغيير فى سياسة الأزهر، ولكن للأسف التغيير حدث للأسوأ، لأن الشيخ أحمد الطيب سينفذ سياسة الدولة كما كان ينفذها أثناء توليه رئاسة جامعة الأزهر»، مشيرًا إلى أن شباب الإخوان كانوا يأملون فى تولى الشيخ على جمعة المنصب، لكونه عالما جليلا، لديه قدرة على فرض آرائه الشخصية على النظام. ويؤكد محمد هيكل، صاحب مدونة «هو وهى»، أن مواقفه «المتخاذلة» مع طلاب الإخوان فى جامعة الأزهر، وتركه للأمن يتحكم فى سياسة الجامعة، تدل على أن الوضع سيكون أسوأ أثناء توليه مشيخة الأزهر، مشيرا إلى أنه يسير على نهج الدكتور أحمد زكى بدر، وزير التربية والتعليم، عندما كان يخصص بلطجية للاعتداء على طلاب الإخوان بجامعة عين شمس، متوقعا أن يواجه سياسة الإخوان بقوة، ويقف أمامهم كما كان يحدث منه تجاه طلاب الإخوان. وعن ذكريات طلاب الإخوان مع الطيب، يصف محمد الفاروق، بكلية الشريعة الإسلامية جامعة الأزهر، مواقف الطيب مع شباب الإخوان بأنها «سيئة»، قائلا: «كنا نتعرض لعمليات كثيرة من الفصل والاستبعاد من المدينة الجامعية، وإذا ذهبنا لمقابلته يرفض، ويقول إنه ليس فى يديه شىء، واذهبوا إلى الأمن». أما مصطفى النجار، صاحب مدونة «أمواج التغيير» فيقول إن أفكاره الإسلامية تدل على أنه عالم جليل، لكن مواقفه السياسية، وشهادته على طلاب الإخوان أثناء قضية «ميليشيات الأزهر»، ومهادنته للدولة والأمن، تؤكد أنه سيمضى فى تنفيذ سياسة الدولة. فى المقابل، أسس مجموعة من الشباب جروبا على موقع «فيس بوك» أطلقوا عليه اسم «حملة دعم الدكتور أحمد الطيب، شيخ الأزهر الجديد»، ووصل عدد أعضائه إلى 2500 عضو حتى كتابة هذه السطور، وقال مؤسسو الجروب إنهم يدعمون شيخ الأزهر الجديد أملا فى عودة الأزهر منارة للعلم على يديه، ورغبة فى انفصال المؤسسة الأزهرية عن السياسة فى إصدار القرارات والفتاوى.