ساد الاضطراب في مصر بين صفوف الجيش الفرنسي حين علموا بمقدم الحملة الإنجليزية التركية، حتي إن الجنرال مينو كان يتوعد كل من يذيع هذا الأمر بين الأهالي حتي لا يتشجعوا مرة أخرى على الثورة بعدما حل بالفرنسيين من جراء ثورة القاهرة الثانية، حتي إنه أصدر منشوراً في الخامس والعشرين من فبراير عام 1801 يطمئن فيه المصريين ويحذرهم أيضاً من تصديق الأخبار الكاذبة غير أن الناس لم تصدق المنشور بل تأكدت من قدوم الإنجليز وأن محاولة مينو تكذيب ما يشاع إنما تأتي بمنطق «يكاد المريبُ يقول خذوني». غير أن «مينو» جمع الديوان في 6 مارس 1801 وصارح رجال الديوان بذلك بل حذر رجال الديوان (من شيوخ إلى علماء) من تحريض الناس على الثورة إذا ما انشغل الفرنسيون بمواجهة الإنجليز مثلما حدث حينما كانوا منشغلين بمواجهة العثمانيين، حتي إنه وتحسباً لما قد يقدم عليه رموز الثورة من تحريض العامة، اعتقلت سلطات الحملة الفرنسية الشيخ السادات في القلعة وظل معتقلاً فيها حتي جلاء الفرنسيين، كما اعتقلوا حسن أغا (المحتسب) وسافر مينو إلى الإسكندرية، واتسعت حركة الاعتقال، ووردت أخبار بقدوم الجيش العثماني براً وتم اعتقال الشيوخ عبدالله الشرقاوي ومحمد المهدي ومصطفي الصاوي وسليمان الفيومي، وبلغ مينو الإسكندرية في التاسع عشر من مارس واستعد للمعركة «معركة كانوب» ضد الإنجليز، التي وقعت «زي النهارده» في 21 مارس 1801 وقد كانت هذه المعركة سبباً رئيسياً في جلاء الفرنسيين عن مصر بعد هزيمتهم في هذه المعركة.
