طالبت المنظمة المصرية لحقوق الإنسان بتعديل القانون رقم 84 لسنة 2002 الخاص بالجمعيات الأهلية لإعطاء مزيد من الحرية لهذه الجمعيات، وأن يكون التسجيل بمجرد الإخطار، وعدم تدخل الجهة الإدارية في الشأن العام للجمعيات، وإلزام السلطات المحلية بإشراك منظمات المجتمع المدني في خطة التنمية المحلية، وإطلاق حرية تأسيس الاتحادات النوعية التي تكون منوطة ببناء الشراكات، وإلغاء كافة العقوبات السالبة للحرية لكون قانون العقوبات به ما يكفيه لتوقيع العقوبات على الجمعيات المخالفة أما أن يكون هناك قانون للجمعيات فينبغي أن يكون للتنظيم فقط، والانضمام إلى التحالفات الدولية، وتعديل التشريعات الوطنية بما يتواءم مع المواثيق والاتفاقيات الدولية. وأعرب حافظ أبو سعدة رئيس المنظمة عن قلقه البالغ من محاولات إقصاء وإجهاض عمل منظمات حقوق الإنسان والتي تعمل في مصر منذ أكثر من 28 عاما في الدفاع عن منظومة حقوق الإنسان، وطالمت ناضلت سنوات كثيرة أبان حكم الرئيس السابق في المطالبة بتحسين سجل حقوق الإنسان في مصر، وإنهاء الممارسات الخاصة بالقبض العشوائي والتعذيب واحترام وكفالة حرية الرأي والتعبير. وأكد على أنه بعد ثورة الخامس والعشرين من يناير تنافست المنظمات الحقوقية الصعداء وشعرت بأن بعد الثورة سيتم إزالة كافة القيود والمعوقات التي تعوق عمل المجتمع المدني في مصر وأن هذه المنظمات ستشهد مناخ من الحرية للدفاع عن حقوق المواطن المصري البسيط، ولكن أن يتم السعي لتكبيل عمل هذه الجمعيات على هذا النحو فهو مؤشر سئ للغاية يؤكد أنه هناك نية مبيتة من قبل الحكومة الحالية لتقييد العمل الأهلي والقضاء على المدافعين عن حقوق الإنسان. وكانت المنظمة قد تقدمت برد كتابي على خطاب إدارة مصر القديمة الاجتماعية للجمعيات التابعة لوزارة التضامن الاجتماعي الوارد للمنظمة بتاريخ 11/2/2013 والخاص بتعليمات الدكتور رئيس مجلس الوزراء بالتنبيه بعدم الدخول مع جهات أجنبية في مشروعات بحوث أو دراسات أو استطلاعات رأي أو جمع معلومات إلا بعد أخذ رأي الجهات الأمنية للوقوف على حقيقة تلك الجهات الأجنبية وأبعاد التعاون معها. وقد تضمن رد المنظمة أنها تلتزم بكافة القواعد والضوابط الواردة بالقانون رقم 48 لسنة 2002 بشأن الجمعيات والمؤسسات الأهلية ولائحته التنفيذية، وذلك منذ إشهار المنظمة بتاريخ 26/6/2003 تحت رقم 5220، وأن أية مشروعات أو طلبات منح داخلية أو خارجية تتخذ المنظمة فيها كافة الإجراءات الرسمية اللازمة ولا تشرع في تنفيذها إلا بعد موافقة وزارة التضامن الاجتماعي والتي تأخذ رأي كل الجهات المعنية بما في ذلك الأمنرغم أن هذه الاجراءات متشددة وتعطل فى كثير من الاحيان انشطة المنظمة بل قد تصل الى حد رفض المشروعات دون أسباب موضوعية.
