استنكر نادر بكار، أن يكون قرار إعلان جماعة الإخوان المسلمين، كمنظمة إرهابية، غير صادر من مؤسسة القضاء المصري. ووصف نادر بكار، في لقائه ببرنامج «بث مباشر» على قناة «سي بي سي 2»، مساء الخميس، هذا القرار بأنه "تدخل للدولة في صناعة القرار المؤسسي". وأوضح رؤيته "أن هذا القرار لا يجوز أن يخرج عن سلطة تنفيذية مؤقتة في مرحلة انتقالية"، ملمحًا إلى أن القرار قابل للطعن عليه أمام القضاء الإداري. ومن جانب آخر، انتقد نادر بكار، قرار تجميد أموال الجمعيات الأهلية، بقوله "لا أريد أن يظلم الفقراء ولا أن يتحملوا أعباء جديدة فوق أعبائهم، ولابد من ضمانة من قبل الحكومة بعدم تضرر هؤلاء الفقراء من قرار تجميد أموال الجمعيات" وطالب بأن يلقى القبض على الأعضاء المخالفين بهذه الجمعيات، بعد ثبوت ذلك أمام الجهات المختصة، دون اللجوء لتجميد الأموال.