نظم قطاع الصحة بمؤسسة مصر الخير، قافلة طبية شاملة لذوي الإحتياجات الخاصة بمحافظة الإسماعيلية، لتقديم خدمات الكشف والعلاج وتحديد التحاليل والأشعة والعمليات المطلوبة، بالإضافة إلى توفير الأطراف الصناعية، والسماعات الطبية، والعمليات الجراحية، والكراسي. ومن خلال مشروع القوافل الطبية، تساهم "مصر الخير" فى إيجاد حلول للوصول للمستحقين من ذوى الإحتياجات الخاصة، وتحديدا بالمناطق النائية والاكثر إحتاجًا. ويعمل الفريق الطبي على مساعدة ذوى الإحتياجات الخاصة على العيش بصورة طبيعية من خلال إعادة تأهيلهم لتسهيل دمجهم في الحياة الإجتماعية لكي يصبحوا أفراد منتجين قادرين على رفع الكفاءة الإقتصادية في المجتمع. كما تقوم مؤسسة مصر الخير بنشر الوعي الوقائي من الأخطار المختلفة التي تؤدي إلى الإصابة بالأمراض المزمنة.