أمر المستشار عبد المجيد محمود النائب العام ، بتشكيل فريق من نيابة استئناف أسيوط ونيابة شمال أسيوط الكلية بالانتقال والمعاينة وسماع أقوال المصابين والشهود العيان، وشمل فريق النيابة قرابة 40 من رؤساء ووكلاء النيابات انتقلوا إلى مسرح الكارثة. وعاينوا القطار والأتوبيس المحطم وآثار الحادث الذي امتد على مسافة تجاوزت الكيلو متر. وكشفت تحقيقات ومعاينة النيابة أن القطار رقم 165 والقادم من أسيوط للقاهرة اصطدم بمنتصف الأتوبيس تماما، ودفعه أمامه مسافة كبيرة وأنه حطم الأتوبيس وحوله إلى قطع صغيرة، وأن دماء التلاميذ وأشلائهم التصقت بمقدمة وعجلات القطار. وكشفت المعاينة أن الحادث حول التلاميذ الضحايا إلى أشلاء صغيرة وعثرت النيابة وبعض الأهالي على رؤوس بعض التلاميذ وأيدي مبتورة وسيقان ممزقة أسفل العربة الأولى وفي جرار القطار. وبدأت النيابة التحقيق مع عامل مزلقان قرية المندرة، وتبين من التحريات أنه كان نائما داخل غرفة خاصة به، ولم يغلق المزلقان في لحظة قدوم القطار، وكان من المقرر أن يغلق المزلقان قبل وصول القطار بعشر دقائق. وأمرت النيابة بضبط وإحضار عامل الإشارة في القرية التي تسبق قرية المندرة، لبيان ما إذا كان اتصل بعامل مزلقان المندرة من عدمه ليخطره بقدوم القطار رقم 165. وأمرت النيابة بتشكيل لجنة من أساتذة كلية الهندسة وكلفتهم بفحص القطار والأتوبيس وإعداد تقرير كامل وتقديمه للنيابة العامة. وقال المصابون في تحقيقات النيابة أنهم كانوا داخل الأتوبيس وأن السائق وجد المزلقان مفتوحا، وأثناء عبوره شريط السكة الحديد وقع التصادم. وأضاف المصابون: "إحنا محسناش بحاجة خالص.. سمعنا صراخ وصوت خبط بس.. ولقينا ناس اتجمعت ونقلتنا في عربيات إسعاف للمستشفيات". وكشفت التقارير الطبية التي تلقتها النيابة عن حالات الوفيات أنه حدثت نتيجة هبوط حاد وتهتك جميع أجهزة الجسم وتحويلها إلى أشلاء صغيرة. وصرحت النيابة بدفن جثامين 48 ضحية تعرف عليهم الأهالي وجار التعرف على جثتين مجهولتين بعد تحولهما الى أشلاء ولم يتعرف عليهما أيا من أسر الضحايا.