رحب الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر الشريف, بتوقيع اتفاق السلام بين مجاهدي جبهة مورو الإسلامية والحكومة الفلبينية الذي يقضي بإنهاء حالة الحرب والسعي لإقامة حكم ذاتي للمواطنين المسلمين في جزيرة ماندناو وجنوب الفلبين. وأكد الطيب دعم الأزهر للحقوق المشروعة للأقليات الوطنية الإسلامية حول العالم, معبرا عن تفاؤله بأن تحذو الدول الأسيوية التي تعاني فيها الأقليات الوطنية الإسلامية من هضم حقوقهم والاعتداء عليهم حذو دولة الفلبين بالتوقف عن سفك دماء المسلمين كما حدث في بورما أو الانتقاص من حقوقهم كمواطنين أو التضييق علي حرياتهم الدينية, موضحا أن الإسلام دين سلام وأن الأقليات الإسلامية صاحبة حقوق مشروعة في أوطانهم.