رصد عدد من منظمات المجتمع المدني اجراءات فرز الاصوات للناخبين للجان الفرعية للمحافظات وتضمنت اهم مؤشرات الفرز التزام معظم اللجان الفرعية بالقواعد المنظمة من قبل اللجنة العليا للانتخابات. واكد تقرير الجمعية المصرية لدعم التطور الديمقراطي التزام معظم اللجان الفرعية بقرار اللجنة العليا للانتخابات الرئاسية للسماح للمراقبين بحضور الفرز وقيام معظم رؤساء اللجان الفرعية باثبات حضور المراقبين من خلال السماح لهم بالتوقيع في محاضر الفرز وقيام بعض رؤساء اللجان الفرعية بالبدء في عملية الفرز رغم استمرار عملية التصويت بالمخالفة للقواعد القانونية المنظمة لاجراءات الفرز. واشار تقرير شبكة مراقبون بلا حدود الي ان اجراءات عمليات الفرز بحضور كافة وكلاء ومندوبي المرشحين وتواجد الامن خلال اللجان ولم يثبت وقائع تشير الي تدخله في عملية الفرزو الشفافية بدرجة كبيرة من رؤساء اللجان الفرعية من القضاة في أجراءات وأعمال الفرز والتزام غالبية القضاة والموظفين المكلفين بإدارة العملية الانتخابية باللجان الفرعية بالقواعد القانونية المنظمة لاجراءات الفرزللجنة العليا للانتخابات وعدم السماح للمراقبين بحضور أعمال تجميع النتائج في اللجان العامة بالمدن والمحافظات.