بعد جدل كبير دام لعدة سنوات، حول علاقة فرعون الذي ذكر في قصة نبي الله موسى عليه السلام في القرآن الكريم، وبين رمسيس الثاني، حسمت دار الإفتاء الأمر. وأعلنت الدار "الإفتاء"، أن أرجح الأقوال عند المفسرين وعلماء التاريخ، أن فرعون الذي عاصر نبي الله موسى -عليه السلام- هو رمسيس الثاني". وذكرت عبر موقعها الرسمي، في إجابتها عن سؤال أرسله أحد المستفسرين: «منْ هو فرعون موسى؟»، أن هناك رأيًا آخر يرى أن نبي الله موسى قد عاصر اثنين من الفراعنة؛ فقد كان الشيخ رشيد رضا، رحمه الله- يرجح أن فرعون موسى هو (منفتاح)، يقول: والمرجح عند المتأخرين من المؤرخين الواقفين على العادات المصرية أن فرعون موسى هو الملك منفتاح، وكان يلقب بسليل الإله رع، وقد جاء في آخر الأثر المصري الوحيد الذي ذكر فيه بنو إسرائيل «وهو المعروف برقم (43025) المحفوظ في متحف مصر".