قال خبراء فى المالية العامة والضرائب، إن أهم التحديات التى تواجه المنظومة الضريبة فى مصر تتمثل فى اتساع حجم القطاع غير الرسمى وصعوبة تتبع المرتبطين به ضريبيا فى ظل صعوبة إلزامهم بمتطلبات قانون الضريبة بجانب الخلل فى قانون التأمينات الاجتماعية رقم 75 لسنة 1979. وأوضحت الدكتورة منال متولى أستاذ الاقتصاد ومدير مركز البحوث والدراسات الاقتصادية والمالية بكلية الاقتصاد والعلوم السياسية بجامعة القاهرة، فى الندوة التى نظمها منتدى شركاء التنمية للبحوث والدراسات مساء الثلاثاء، أن الإيرادات الضريبية تمثل نحو 64% من إجمالى الإيرادات العامة للدولة، فضلاً عن تزايد اعتماد هيكل الضرائب على دخول الأفراد من التوظيف "الموظفين"، الذى بلغ نحو 2،21% مقابل 5،17% للضرائب على أرباح الشركات مشيرة إلى أن رصيد المتأخرات الضريبية المستحقة للحكومة بلغ نحو 5،99 مليار جنيه فى نهاية عام 2009. وأضافت أنه يوجد نحو 31 مليار جنيه مستحقة لوزارة المالية يخصص معظمها لقطاع الكهرباء بجانب 5،18 مليار جنيه من متأخرات ضريبية لمركز كبار الممولين مستحقة من طرف وحدات القطاع العام والهيئات الاقتصادية والبنوك، وأكثر من 66% متأخرات مصلحة الضرائب على المبيعات متنازع عليها. وأشارت متولى إلى أن إجمالى السجائر المهربة التى تم ضبطها خلال عام 2011 فقط حوالى 100 مليون سيجارة، أى ما يعادل 5 ملايين علبة بإجمالى ضرائب قانونية تصل إلى 20 مليون جنيه مصرى، فى حين أن المعلن من وزارة المالية أن اجمالى التهرب الضريبى على السجائر بلغ نحو 4 مليارات جنيه.
