أثار تولي منصب "شيخ مشايخ الطرق الصوفية" خلافات داخل البيت الصوفى، وبدلا من أن يصبح التنافس مسعى لتحقيق الزهد والورع أصبح صراعًا من أجل المنصب، فمنذ وفاة الشيخ أحمد ياسين في نوفمبر 2008 اندلع الصراع بين الشيخ علاء أبو العزائم الذي فوضه 15 من أعضاء المجلس للقيام بدور شيخ المشايخ لحين إجراء الانتخابات إلا أنه فوجئ باختيار الدكتور عبد الهادي القصبى، وهو ما اعتبره أبو العزائم خيانة.. وسرعان ما اشتعلت الصراعات وتبادل الاتهامات بين أبو العزائم والقصبى. إلا أن تصريحات أبو العزائم الأخيرة كانت صادمة بعد أن قال إنه لن يتحدث كصوفى طالما بقى الدكتور عبد الهادى القصبى شيخ مشايخ باعتبار أن المتصوفة في عهدة تراجع دورهم، وبدت الأمور مضطربة بين الصوفيين بعد تصريحات أبو العزائم التي بدت هدوءًا يسبق عاصفة، خاصة مع ما تحمله كلمات أبو العزائم من معانٍ مفادها أنه الأحق بتولي مسئولية المنصب. مزايا المشيخة يحصل شيخ مشايخ الطرق الصوفية على أربع آلاف جنيه من صناديق النذور رغم إعلان القصبى أن يتنازل عن المبلغ ولا يحصل عليه، بالإضافة إلى عدد من التأشيرات السنوية من وزارة الداخلية لتوزيعها على الطرق الصوفية حسب عدد مريدها، بالإضافة إلى أن المنصب يعد وجاهة اجتماعية لشيخ المشايخ خاصة أن عدد الصوفية في مصر يقدر بالملايين. واجهة اجتماعية الشيخ عبد المجيد الشرنوبى، شيخ الطريقة الشرنوبية البرهامية وصاحب العديد من الدعاوى، بشأن أحقية الدكتور عبد الهادى القصبى في المنصب قال إن منصب شيخ مشايخ الطرق الصوفية تعودنا أن يكون للأكبر سنًا رغم أن المنصب لا يثير الإغراء من الناحية المادية لكنه واجهة اجتماعية فتح الباب للعمل السياسي لشيخ المشايخ، مؤكدًا أن موقف أبوالعزائم يثير الاستغراب خاصة أنه هو الذي تنازل بعد تأسيسه المجلس العالمى للطرق الصوفية، مما دفعنى للتنازل عن القضايا وأعتقد أن الوقت غير مناسب لتجدد الصراع خاصة أن المتصوفة في حاجة للتوحد. مغنم أدبى وأكد الشيخ عبد الخالق الشبراوى، شيخ الطريقة الشبراوية الخلواتية، أن منصب شيخ مشايخ الطرق الصوفية مجرد مغنم أدبى ليس أكثر من كونه تكليفًا قبل أن يكون تشريفًا، وكنا نعتمد على الحلفان والفاتحة بين مشايخ الطرق في الاختيار شيخ المشايخ، وبعد الشيخ أحمد ياسين اتفقنا على اختيار أبو العزائم، ولكن جاءت الظروف بالقصبى والخلافات انتهت من فترة بالتنازل عن القضايا، وبالتالى لا نعرف الدافع وراء تصريحات الشيخ علاء. تعيين بقرار جمهوري وأضاف الشيخ مصطفى زايد، سكرتير الطريقة الرفاعية، أن اختيار شيخ المشايخ يتم بقرار جمهورى كوجهة للمتصوفة، ويحصل شيخ المشايخ على راتب، وأي خلاف بين شيخ طريقة وشيخ طريقة أخرى أو بين مريد ومريد آخر يؤثر سلبًا فى صورة الصوفية ككل، ولابد من لم الشمل والبعد عن التصريحات التي تشيع الانقسام في الصف الصوفى.