تعتمد محافظة الوادى الجديد اعتمادا كليا على مورد واحد للمياه بجميع مدن وقرى المحافظة، وهى الآبار والمياه الجوفية، فهناك ماكينات تستخرج المياه من باطن الأرض، وتمررها إلى محطات التنقية من الحديد والمنجنيز حتى تصلح للاستخدام الآدمى، أما الزراعات فيتم ريها دون تنقية للمياه فلا حاجة لذلك حسبما أكد مسئولون بإدارات الرى بالمحافظة. وقد اختلف كثيرون حول تجدد مياه الخزان الجوفى ومنسوب تدفق المياه ما بين الانخفاض فى مناطق دون غيرها حسب معدلات الاستهلاك، وقال خبراء إن الخزان الجوفى بالمحافظة، يعد جزءا من خزان الحجر الرملى النوبى بالصحراء الغربية والذى يعد من اكبر خزانات المياه الجوفية بالعالم، وإن الدراسات التى تمت بمعرفة بيوت الخبرة العالمية والمحلية والجامعات والمعاهد البحثية، أوضحت بعض خصائص هذا الخزان فهو بمساحة 2.4 مليون كم مربع يشمل الصحراء الغربية بمصر والجزء الشرقى من ليبيا والجزء الشمالى من تشاد وحتى الجزء الشمالى الغربى من السودان، وينقسم الخزان إلى خزانين رئيسيين، خزان الداخلة بمصر، وخزان الكفرة بليبيا ويصل سمكه إلى 800 متر بالخارجة، و1400 متر بالداخلة، و1600 متر بواحة الفرافرة، ومنطقة البحرية إلى 2000 متر، ويصل إلى نحو 3500 متر بحوض عين دالة والساحل الشمالى الغربى بمصر. وحول عذوبة المياه بالخزان الجوفى بالوادى الجديد، أكد الخبراء أنها عذبة فى الطبقات العميقة والتى تصل إلى نحو 150 جزىء / مليون، بينما تصل فى الطبقات السطحية إلى نحو 600 جزىء / مليون، وهى شديدة العذوبة وصالحة لجميع الاستخدامات وأهمها الشرب، وتعد مطابقة للمواصفات القياسية المصرية والكود العالمى لمياه الشرب، وحرارتها تصل إلى أكثر من 50 درجة مئوية فى الآبار العميقة. لكن تظل قضية تجدد الخزان الجوفى وكفايته غير محسومة حتى الآن، وأن هناك ثلاث نظريات لأصل المياه الجوفية بالمحافظة، وهى إما أن يكون مصدرها نهر النيل أو أصلها مياها حجرية من العصور الجيولوجية القديمة، وتجزأت تحت الأرض، وهناك نظرية ثالثة تقول إن المياه أتت عبر الحدود الليبية والتشادية، ومن الممكن أن تكون قد مرت بالثلاث نظريات. فالخزان الجوفى محصور بين طبقتين، طبقة طفلية ورملية، وطبقات من الصخور النارية الموجودة فى الباطن وهذا يعنى انه بعيد كل البعد عن التلوث، وان تقديرات المياه جزافية تعتمد على مجموعة من البيانات، لكن جميع الدراسات تنبأت إلى بقائها لمدة 100 عام قادمة وخلال هذه المدة المعدلات تعد آمنة. فى حين تؤثر العيون السطحية على منسوب مياه الخزان الجوفى ولا تتم بالصورة البسيطة فهناك عملية ترخيص بحفر الآبار للشركات الاستثمارية، والتى تقوم بزراعة الأراضى، ترفع للوزارة وتعرض على اللجنة العليا وتتم الموافقة عليها. كما طالب عدد كبير من أبناء المحافظة بوقف الاستثمار الزراعى بمنطقة الخارجة، والتى انخفض بها منسوب تدفق المياه بشكل أثار قلق الكثيرين، مطالبين أيضا بوضع حد لزراعات البرسيم الحجازى الذى يتم نقله يوميا بسيارات للدول العربية فى ظل استهلاكه المرتفع للمياه. ويعتبر أبناء الوادى الجديد أن الحل الأساسى وعامل الأمان مع عدم وضوح رؤية مستقبل الخزان الجوفى النوبى، هو توصيل مياه النيل للمحافظة.
