رغم مرور ما يقرب من شهر ونصف الشهر على بدء الدراسة، لم تبدأ معظم المدارس بعد فى تطبيق طريقة التقويم الشامل التى أقرتها الوزارة هذا العام لمادتين فقط يختارهما كل طالب حسب رغبته، وبما يناسب أيضا امكانيات كل مدرسة. فبعض المدارس أجبرت التلاميذ على اختيار مواد بعينها، والبعض الآخر لاحظ ابتعاد التلاميذ عن اختيار مواد أخرى فأعادوا تقسيم المواد على التلاميذ دون مراعاة رغباتهم، والبعض الثالث اختار طريقة مبتكرة لتقسيم المواد على التلاميذ تضمن أن يستفيد كل طالب من أنشطة التقويم الشامل لجميع المواد، وليس لمادتين فقط. وقالت أميرة محمد بالصف الأول الإعدادى بمدرسة جمال عبدالناصر التجريبية للغات إنها اختارت مادتى التاريخ والتربية الفنية كمواد للتقويم الشامل، لكن المدرسين لم يبدأوا بعد فى تطبيق التقويم الشامل، وأن كل ما تعرفه عن التقويم هذا العام المواد التى اختارتها فقط، فلم يطلب منهم أى مدرس عمل أى نشاط أو بحث فى هذه المواد، لافتة إلى أنه من الممكن البدء فى التقويم بداية من الأسبوع المقبل، لأنهم لم يتسلموا الكتب سوى الأسبوع الحالى. فى حين قال محمد على بالصف السادس الابتدائى بمدرسة عمرو بن العاص الابتدائية بالجيزة إنهم لم يختاروا بعد المواد التى سيدرسون فيها التقويم الشامل، فلم يعطهم المدرسة الاستمارة التى يسجلون فيها رغبتهم فى اختيار المواد. وقالت إيمان مدرسة بإحدى المدارس الخاصة بالجيزة إن المدرسة لم تسمح للطلاب باختيار مواد التقويم الشامل، بل قسمت طلاب المدرسة على مجموعات، واختارت لكل مجموعة مادتين لدراستها، وذلك بعد اكتشاف المدرسة أن الطلاب لم يختاروا مادة العلوم، بالإضافة إلى أن بعض المدرسين حرضوا الطلاب على عدم اختيار المواد التى يدرسونها، حتى يريحوا أنفسهم من تطبيق التقويم الشامل وأنشطته بالإضافة للمقرر المدرسى للمادة، مشيرة إلى أنهم لم يبدأوا بالفعل فى تطبيق التقويم الشامل، لأن المدرسة مازالت فى مرحلة اختيار المواد وتقسيمها على الطلاب. ونفس الأمر أكده عماد بكرى بمدرسة الكمال الابتدائية بالمعادى قائلا إن المدرسة فضلت اختيارها للمواد التى يدرسها الطلاب فى التقويم الشامل، بحيث تقوم بتوزيع المواد المختلفة على الطلاب مع تغييرها لهم كل شهر، بحيث تضمن ممارسة كل الطلاب لأنشطة جميع المواد فى نهاية العام، وذلك بعد اكتشاف المدرسة لتهرب التلاميذ من مواد بعينها. من ناحيتها أوضحت ليلى مسعد موجهة مادة الدراسات الاجتماعية بمديرية التربية والتعليم بأكتوبر أن إختيار الطالب لمادتى التقويم الشامل المفروض أن يرتبط بميول الطالب نحو مادة معينة، مما يجعله أكثر إيجابية فى القيام بأنشطتها، ومن غير الضرورى أن يختار الطلاب جميع المواد، أو أن تندرج جميع المواد ضمن تطبيقات التقويم الشامل فى كل المدارس، مشيرة إلى أن الموجهين لم يعطوا توجيهات باختيار المدرسة للمواد بدلا من الطلاب، لكن مدير المدرسة قد يفعل ما يراه بصرف النظر عن التوجيه. وقالت ليلى إن عدم بدء تطبيق النظام الجديد لتقويم الشامل فى المدارس حتى الآن يعتبرا «عيبا» فى دور الموجهين، فمن المفترض أن يتابع كل موجه أنشطة التقويم الشامل عند مروره على المدارس. واتهمت إكرام علام موجهة اللغة الإنجليزية بمديرية التعليم بالجيزة مديرى بعض المدارس الخاصة بأنهم وراء تحويل (الاختيار) فى مادتى التقويم الشامل إلى (إجبار)، قائلة «كل مدير بيمشى المدرسة بمزاجه» ولا يلتزمون بتعليمات التوجيه. وبررت إكرام تأخر المدارس فى تطبيق النظام الجديد للتقويم الشامل بانشغال المدرسين حتى الأسبوع الماضى بالتدرب على تطبيق هذا النظام من خلال التدريبات التى نظمتها المديريات.
