أثار مقترح المستشار احمد مكي وزير العدل بتوحيد الهيئات القضائية وضم هيئتى قضايا الدولة والنيابة الإدارية إلى القضاء العادى وإلغاء المحكمة الدستورية وتوزيع أعضائها على باقى المحاكم، ضجة كبيرة بين القضاة خاصة قضاة المحكمة الدستورية التي أعلنت رفضها لهذا المقترح . وكان المستشار أحمد مكى، وزير العدل الجديد، قد قدم مذكرة إلى الجمعية التأسيسية للدستور اقترح فيها حذف 9 مواد بالباب الخامس من الدستور، تتعلق باختصاصات المحكمة الدستورية وتشكيلها، ومحاكم مجلس الدولة ومحاكم أمن الدولة وأرجع المستشار احمد مكى مطالبه بعدم النص على المحكمة الدستورية فى الدستور إلى أنه لم ير محلا لذكر الهيئات القضائية أو المؤسسات القضائية فى الدستور لأن أصل القضاء هو المحاكم الأهلية ومحاكم الاستئناف ومحكمة النقض ومجلس القضاء الأعلى .. ويقول الدكتور جابر نصار الفقيه الدستورى : المحكمة الدستورية العليا مهمتها مراقبة تتطابق القوانين مع مواد الدستور، فهي تقوم بإلغاء القوانين التي تخالف نصوص ومواد الدستور المصري وهي هيئة قضائية مستقلة عن السلطة التشريعية والسلطة التنفيذية في مصر، وأحكامها نهائية لا يمكن الطعن فيها بأي طريقة من طرق الطعن ، فمراجعة القوانين أمر هام لا محاله واعتقد أنه من الصعب حل المحكمة الدستورية العليا أو إلغائها لأنها من التراث القانونى فى مصر فهذه المحكمة عمرها أكثر من 50 عاما ، و المحكمة الدستورية العليا بمصر مصنفة دولياً فى المركز الثالث على مستوى العالم فى استقلال القضاء، ونالت هذه المكانة الرفيعة بسبب استقلال أحكامها ودفاعها عن الحريات والعدالة الاجتماعية فكيف يتم إلغائها بهذه السهولة .. أما المستشار أشرف ندا رئيس محكمة استئناف المنيا وعضو حركة قضاة من أجل مصر : قرارات المستشار أحمد مكي وزير العدل سليمة 100 % وقانونية ومن يهاجمه لم يفهم الاقتراح الذي تقدم به ويهاجمونه للهجوم فقط دون تفكير فهو لن يلغي المحكمة الدستوري ، فنحن جميعا نعرف الدور الذي تقوم به لكنه سيحوله لمحكمة تابعة لمحكمة النقض وهذا لا يعني تحجيم أو تقليص غير أن تاريخ هذه المحكمة معروف لدينا نحن قضاة مصر جميعاً فلقد أنشئت بقرار سياسي لأغراض سياسية خاصة وأن رئيس المحكمة الدستورية يعينه رئيس الجمهورية هذا غير أن معظمنا لم يكن يرضي عن هذه الاختيارات فكثيرا ما كان يأتي رئيس للمحكمة الدستورية علي هوي رئيس الجمهورية دون مراعاة للكفاءة والمهنية وذلك لتمرير قانون معين أو تغير أمر في الهيئة القضائية و الهجوم علي المستشار أحمد مكي في غير محله لقد جاء هذا الرجل ليحقق ما طالبنا به نحن قضاة مصر منذ أكثر من 25 عاماً فلقد نقل التفتيش القضائي من وزارة العدل للمجلس الاعلي للقضاء وهذا القرار ينتقص من سلطاته هو شخصيا كوزير للعدل لكنه أراد أن يفعل الأمر الصحيح الذي حرصنا عليه وقراراته الأخيرة كلها تصب في مصلحة القضاة واعتقد أن الأيام القادمة سيغير كل مساعدين الوزارة وأيضا سيغير كل رؤساء المحاكم الابتدائية وهذه القرارات ستشن عليه هجوما حادا لأنه يخلع البعض من مناصبه ومن الطبيعي ا، يرفضوا ذلك ولكننا نري في ذلك حالة من الإصلاح والتطهير في مؤسسة القضاة الأزمة بين المستشار أحمد مكي والمحكمة الدستورية تصاعدت علي مستوي أخر بعد أن أصدرت المحكمة الدستورية بيان ترفض فيه .. تصريحات المستشار احمد مكي والتي ابدي فيها رفضه لتدخل القضاة في العملية السياسية والتصدي للمعارك السياسية وتعليقه علي أحكام صاردة عنها وذكر البيان أن ما نسب للمستشار وزير العدل يشكل تدخلاً سافرًا فى قضائها، لأن ما صدر منها من أحكام سواء تلك التى أشار إليها أو ما تعمد أن يتجاهله إنما كان فى حدود ولايتها الدستورية. وأعلنت الجمعية في بيان لها أنها تتابع باستياء بالغ الحملة الإعلامية المنظمة التى تستهدف النيل من المحكمة وقضاتها و أشار البيان إلى ان أحكام المحكمة يتجلي فيها الانحياز المطلق للشرعية الدستورية ورد المستشار احمد مكي علي هذا البيان بنفيه أن قام بإجراء أي حوارات صحفية منذ أن تولي وزارة العدل موضحا أنه يمتنع على وزير العدل إبداء الرأي فى حكم أو محكمة أو قاض .. وأضاف قائلا: إن ما نسب إليه أخيرا قد يحمل بعض الآراء فى السابق التى أدلى بها كمواطن، أما الآن فالأمر مختلف مؤكدا فى الوقت نفسه حرصه على بقاء المحكمة الدستورية مع مراجعة قانونها من خلال أعضائها دعما للاستقلال .